太元五年（380年），皇後王法慧去世。
太元六年（381年），會稽人檀元之謀反，自號安東將軍，鎮軍參軍謝藹之率軍平定其叛亂。
太元八年（383年），東晉在淝水之戰以少勝多，大敗前秦軍隊。
太元九年（384年），崇德太後褚蒜子去世。
太元十年（385年），晉將劉牢之在五橋澤與慕容垂大戰，被慕容垂打敗。
太元十壹年（386年），慕容垂在中山即皇帝位。
太元十二年（387年），立皇子司馬德宗為太子。
太元十五年（390年），征虜將軍朱序在太行大敗西燕皇帝慕容永。
太元十七年（392年），司馬曜徙封弟瑯邪王司馬道子為會稽王，封皇子司馬德文為瑯邪王。
太元二十壹年（396年），司馬曜被寵妃張貴人殺死。