中華鱘非常珍貴。它是壹種稀有的“活化石”，最早出現在1.5億年前的中生代。在分類地位上，中華鱘介於軟骨魚和硬骨魚之間。它的骨骼為軟骨，全身有堅硬的骨質鱗，屬於軟骨硬鱗魚類。中華鱘在分類上占有極其重要的地位，是研究魚類演化的重要參照物。
近年來，水質的汙染，對中華鱘親魚的性腺發育、自然繁殖受精卵的孵化以及幼鱘的生長和發育均不利。受水質汙染的影響，長江口幼鱘分布範圍已明顯縮小，如70年代以前，中華鱘幼魚曾是杭州灣的四種主要捕撈對象之壹，目前，該水域已難覓幼鱘蹤跡。而長江口的幼鱘也因水質汙染出現了肝癌病變。80年代後,中華鱘產卵群體中性別比例嚴重失調，雌、雄比已達到3：1甚至5：1，中華鱘雄性親魚精子活力逐年下降，也可能與長江水質汙染有直接關系。
葛洲壩水利工程的建設也對中華鱘的生存環境造成影響。這項工程建設以前，產卵的中華鱘逆水而上壹直到達金沙江，葛洲壩截斷長江水道後，洄遊的中華鱘只能到達壩下，產卵江段由原來的800公裏縮減到7公裏，產卵場數量由原來的16處減少到1-2處，產卵場面積也只有0.4平方公裏，這使得產卵洄遊的中華鱘數量銳減。
中華鱘數量減少的另壹個原因就是人為捕撈。1988年以後，中華鱘雖然被列為國家壹級保護動物，但每年仍有相當數量的中華鱘被誤捕和非法捕撈。僅宜昌江段，1986－1996年間，漁民誤捕放流的中華鱘就達155尾，還有沿江的部分漁具對幼鱘資源的破壞也較嚴重。調查表明，1988－1992年間，僅在中華鱘幼魚集中分布的長江口崇明島東部灘頭及其部分延伸淺灘，每年幼鱘的總誤捕量為6350尾至7060尾。除此之外，中華鱘數量減少還因為初次性成熟年齡較高、重復繁殖間隔時間長、受精卵存活率低等自身及其它方面的原因，自身繁殖存活率低等方面的原因。
20世紀80年代初期，長江葛洲壩水利樞紐工程修建後，截斷了中華鱘由海入江繁殖的洄遊通道，對中華鱘的生存帶來嚴重的影響。早在20世紀50年代中期，開始進行長江流域規劃時，國家領導人提出了必須對葛洲壩水利樞紐工程修建對魚類的洄遊及產卵場的影響等相關問題進行研究，當時有壹批科技人員和主管部門領導堅持要在大壩上開壹個口子，增加壹個12米寬的過魚設施――魚道。中科院院士伍獻文、曹文宣兩位科學家根據中科院水生生物研究所二十多年來在長江進行魚類資源調查所積累的豐富科學資料和數年來水生所、水利電力大學等單位開展的“魚類克服流速能力”的實際數據，並查閱、考察了前蘇聯、歐美等鱘魚生產國家所采取的系列保護與增殖其資源的補償措施，頂住了來自社會個方面的輿論壓力，毅然提出“葛洲壩樞紐修建不會對家魚產卵場帶來明顯影響”，“葛洲壩樞紐阻隔了中華鱘的洄遊通路，對這壹魚帶來嚴重的不利影響必須加以救護”，“主要應采用人工繁殖放流措施而不應當修建過魚設備”。“中華鱘個體大，上溯時對水流條件要求十分苛刻，何況相對於寬闊的江面和湍急的江水，中華鱘是無法找到12米寬的魚道”。根據長江的自然環境條件和水文資料，大膽推斷大壩修建後，中華鱘有可能在壩下形成新的產卵場，進行自然繁殖。這就是當時轟動全國的“葛洲壩魚道之爭”。伍獻文院士將這壹觀點寫成建議書上報中央，得到國家領導人的肯定和采納。這壹建議為國家節約了5300萬元的投資，成為當時科學家、民主人士參政議政的特大新聞。事實證明，進江繁殖的中華鱘很快適應了新的環境，在葛洲壩下江段形成了新的產卵場。
葛洲壩水利樞紐修建後，雖然中華鱘有了新的產卵場所，但這個繁殖場所已今不如昔，從過去的600公裏江段變成只有7公裏的江段。而隨著三峽工程的啟動，壹旦工程建成運行，10月份的三峽水庫的大量蓄水，水庫水位提高到175米，那麽下泄的水流量將減少41％，這麽壹來，中華鱘宜昌產卵場將會受到嚴重影響，產卵江段的面積也將再壹次縮小。為了保護中華鱘這壹珍稀動物永遠生存下去，自1980年以來，我國正在加速中華鱘人工繁育的研究，並每年向長江放流1-2萬尾人工繁殖的幼鱘；福州市政府也於2001年12月向閩江投放7000尾幼鱘。根據專家估計，要想達到恢復中華鱘的資源增殖效果，每年至少必須向長江放養中華鱘幼鱘10萬尾以上，並且輔以行之有效的保護措施，全面禁止對中華鱘的捕撈，嚴格限制科研用魚，最大限度地保存產卵鱘魚群體。
為保護好中華鱘的繁延，國家和相關地方均采取多種保護措施。
1988年，中華鱘列為國家壹級保護動物。
1996年，湖北省人民政府批準建立宜昌中華鱘自然保護區。
2002年，上海市人民政府批準建立長江口中華鱘幼魚自然保護區。
建立宜昌和荊州中華鱘保護站。1986－1996年的十年間，僅宜昌江段，漁民誤捕放流的中華鱘達155尾。
建立了中華鱘幼魚搶救站，對誤捕的受傷的中華鱘幼魚進行搶救和護養，每年可搶救放生幼鱘數十尾至數百尾。進行人工繁殖並將幼鱘放流長江。本世紀70年代，中華鱘人工繁殖在金沙江產卵場采獲得初步成功，並且進行了少量放流。1983年，中國水產科學研究院長江水產研究所等單位在葛州壩下成功地進行了人工繁殖，同時也進行了人工放流。此後，原水利部中華鱘研究所也成功進行了人工繁殖。由於中華鱘人工繁殖的技術日趨成熟，特別是中華鱘人工蓄養成熟，使放流能夠有計劃地進行，中華鱘培育技術的不斷提高，使大規模的人工放流成為可能。目前采用的標記方法，還可以區分人工放流與天然繁殖的幼鱘。長江水產研究所1997年開始，中華鱘苗種培育技術有新突破，大規模培育中華鱘成活率達到80%或更高，1998年在培育出約8萬尾體長12－20厘米中華鱘幼魚，大大突破了歷史記錄，為大規模人工放流奠定了基礎。
從1983年至1998年底，幾家科研所***向長江、閔江、珠江等水域放流各種規格的中華鱘約580萬尾。到2004年底，向長江水域放流10厘米規格的中華鱘幼苗約60萬尾。1981年以來***放流各種規格中華鱘600多萬尾及大規格中華鱘魚苗千余尾。
禁止捕殺中華鱘，保護水質。