釣魚臺風波對中日關系的直接影響，使久違的中日蜜月期提早結束。
中日間的潛在矛盾主要有：?
領土、資源糾紛，如釣魚島、東海油氣田爭端。 ?
歷史問題，即日本不深刻反省侵華戰爭罪行，包括修改教科書，懷疑甚至否認南京大屠殺等，前不久安倍壹度拒絕再就“慰安婦”問題道歉。
參拜靖國神社，不排除以後日本首相鋌而走險，繼續參拜。
臺灣問題，這是北京最關切的敏感問題，而日本又恰是與臺灣交往最密切、最曖昧的國家之壹；“美日安保條約”公然把臺海納入“有事”範疇。
日本熱衷的“民主軸心”（指日本、美國、澳洲，或加上印度）及“民主弧線”，恰似壹個巨大的包圍圈，針對中國的意味頗濃，中國不可能無動於衷。
日本力爭“入常”，作為“五常”之壹、在安理會有重大發言權的中國，不可能鼎力支持。
日本擴軍，謀求軍事化，頻繁向海外派兵，令中國憂慮，同時指責中國軍費不透明；雙方猜疑，難以取得互信。
朝鮮核問題，雖都堅決主張朝鮮半島無核化，但態度有別，中國溫和，日本強硬。