聯合艦隊、中國方面艦隊、西南方面艦隊、東南方面艦隊、東北方面艦隊、中太平洋方面艦隊、第10方面艦隊、第1機動艦隊，以上這些艦隊都是指揮機關。
下屬艦艇部隊有：第1-9艦隊、第1-3遣華艦隊、第1-4南遣艦隊、第1護衛艦隊、練習艦隊，第1航空艦隊。另外第2、3、5,10~14航空艦隊不是艦艇部隊，而是陸基航空部隊。
日本海軍艦隊番號很多，這是因為日軍將平時編組與任務編組兩種方式攪在壹塊。
遣華艦隊、南遣艦隊都是有任務傾向的行政編組，特別還是擔任地域性的任務。
太平洋戰爭時期的第1-9艦隊中，第1艦隊是聯合艦隊的影子(聯合艦隊司令兼）、日本海軍的面子，卻是壹無用處。
第4艦隊、第8艦隊在外南洋方面有過幾次海戰：珊瑚海海戰、薩沃海戰、瓜島海戰。1942年7月後第4艦隊駐防中太平洋、第8艦隊駐防所羅門群島海域。
新幾內亞島海域的第9艦隊、本土的第7艦隊，壹成立就是駐防艦隊。
第5艦隊長期在北方海域，科曼多爾群島壹戰失敗，1944年10月南下參加萊特灣海戰，在蘇裏高海峽臨陣脫逃，後解散。
第6艦隊是潛艇編隊，屬於部門司令部。
真正滿大洋四處奔波的只有第2、3艦隊，在日本投降之前解散了。
戰爭前期的第1航空艦隊是航母編隊，參加南方作戰，中途島作戰失敗後撤銷，僅有1年3個月歷史。
參考《鐵血網——二戰時日本海軍艦隊知多少》