1、組織結構僵化：事業單位改制不徹底會導致組織結構的僵化，難以適應市場變化和需求的快速變化，原有的事業單位在改制過程中只是簡單的改變名稱，並未真正進行制度和結構的重塑，導致內部管理固化，決策層次繁雜，影響組織的靈活性和效率。
2、員工積極性下降：改制不徹底會導致事業單位員工的積極性下降，原有的事業單位存在穩定的薪資體系和晉升機制，改制不徹底會破壞這種體系，使員工對未來的發展感到迷茫和不確定，失去工作的動力和熱情，同時，改制後存在壹些不合理的管理制度和權責不清的問題，加大了員工的工作壓力和不滿意度。
3、資金難題：事業單位改制不徹底會給財務管理帶來困擾，原有的事業單位往往依賴財政撥款維持運營，改制後需要采取更市場化的經營模式，自負盈虧，但是在過渡期間會面臨資金短缺的困境，原有的事業單位資產轉變為企業資產的過程中，存在收益分配、債務轉化等問題，增加了財務管理的復雜性。
4、公***服務水平下降：事業單位改制不徹底會導致公***服務水平下降，事業單位的改制往往是為了提供更好、更高效的公***服務，但改制不徹底，由於體制和機制上的限制，管理和運營能力沒有得到充分提升，導致公***服務質量下降，此外，原有的事業單位在改制過程中存在員工流失、組織調整等問題，影響服務的連續性和穩定性。