1、所屬公司不同：京港地鐵所屬的公司就是北京市基礎設施投資有限公司、北京首都創業集團有限公司、香港地鐵有限公司，三者之間壹起出資組合而成的。北京地鐵這個的前身就是北京市地下鐵道總公司，京港地鐵有限公司，主要是屬於對地鐵建設、運營以及管理的壹家專業化公司。
2、運營路線不同：京港地鐵包含的運營路線有4號線大興線、17號線、16號線、14號線。北京地鐵包含的運營路線有地鐵2號線、10號線、19號線等17條運營路線。
3、發展理念不同：北京地鐵自從2012年開始，已經明確即將會對58個終點地鐵站操作藝術化裝修，並且這個藝術化裝修會跟地鐵的設計，以及地面建設的景觀相互配合，從而打造出地下和地下是完全統壹的藝術風格。