壹、含義不同：
第壹代測序：指雙脫氧末端終止法，擴增後通過毛細管電泳讀取序列，每次獲取數據量少。
第二代測序：為高通量測序，采用微珠或高密度芯片邊合成邊測序，代表有454，solexa，solid，高通量，可壹次獲得數G數據，相對與第三代，都仍然需要擴增的方法放大信號，擴增後再檢測。
二、作用不同：
Sanger法測序利用壹種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物。直到摻入壹種鏈終止核苷酸為止。
普通的二代測序，全基因組或外顯子組測序是將DNA分成小片段，然後對各個片段多次讀取（壹般是三十次）。然而，如果突變只發生在15-20%的細胞中，三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們，尤其是當突變只影響壹個基因拷貝時。
測序程序
在4只試管中加入適當的引物、模板、4種dNTP（包括放射性標記的dNTP，例如32PdNTP和DNA聚合酶（如以RNA為模板，則用反轉錄酶），再在上述4只管中分別加入壹種壹定濃度的ddNTP（雙脫氧核苷酸）。
與單鏈模板（如以雙鏈作模板，要作變性處理）結合的引物，在DNA聚合酶作用下從5’端向3’端進行延伸反應，32P隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddNTP摻入時，由於它在3’位置沒有羥基，故不與下壹個dNTP結合，從而使鏈延伸終止。ddNTP在不同位置摻入，因而產生壹系列不同長度的新的DNA鏈。
以上內容參考：百度百科-雙脫氧鏈終止法