民國二十六年（1937）春，中國銀行總經理、中國紅十字會董事、邑人宋漢章先生為造福桑梓，開始籌建醫院。擇址城區太守房路9號（今健康路108號），購地16.5畝余（其中捐贈5.5畝余）。後因八·壹三事變中止。民國三十五年（1946），宋漢章先生與上海醫學院教授、病理學家、邑人谷鏡汧先生等磋商，為實現夙願，在同年7月，以宋漢章先生為首組織建院籌備會，下設幹事組。同年8月，建立有41位士紳參加的董事會，宋漢章先生任董事長，洪元初、嚴成德任副董事長，並在上海、余姚設立兩個點，是年9月1日召開募捐大會。10月初設辦事處，由洪元初任主任，下設文書、會計、事務、工程四組，具體負責籌建工作，經各方努力，至民國三十六年（1947）5月6日，贊助捐款***1973個商戶和個人，集資國幣七億七仟貳佰零八萬八佰元，以及捐贈顯微鏡、浴缸和藥品等物資。
民國三十六年（1947）元月，宋漢章先生親臨余姚，為住院樓舉行奠基典禮，並題詞“陽明醫院奠基紀念”石碑（奠基石碑置於假四層底樓大門東首）。經姚地董事會刻苦經營，至民國三十六年（1947）5月，除住院樓外，院舍全部竣工，建築面積為2792.97㎡，總造價為國幣四億四仟伍佰萬元。並以明代余姚先賢王陽明先生之名，定名為余姚陽明醫院。
民國三十六年（1947）8月1日，經余姚縣政府核準，醫院門診開診，翌年三月二十壹日接收住院病人。首任院長宋梧生（姚籍，上海鐳錠醫院常務董事、法國裏昂大學醫學博士），日常工作先後由副院長藍彜、郭藹然主持。1949年5月23日余姚解放，醫院內、外、產主要醫生先後返滬。1950年3月，郭藹然離職去沈陽醫科大學任教。其時，董事會委派原上海華美醫院外科主任洪約翰（原名洪家翰，姚籍）任院長，余姚縣人民政府衛生科副科長喬鑫鐸兼任副院長。1952年後，省衛生廳給予適當經濟補助，名為民辦公助。1953年8月，洪因年事已高等原因，離職返滬，院長由喬鑫鐸兼任。
1953年，醫院董事會申請政府接辦。報經浙江省人民政府文化教育委員會（1953）文辦字第330號文件批復同意，並成立余姚縣人民政府陽明醫院接辦委員會，副縣長楊光明任主任委員，喬鑫鐸、張友道（縣衛生院院長）任副主任委員，縣總工會、統戰部、財糧科、人事科及醫院工會等負責人為委員，主持接辦事項。
1953年11月27日，經浙江省人民政府衛生廳（1953）字第3348號文件批準，同意由余姚縣人民政府接管，定名為余姚縣陽明醫院，為全民醫療事業單位。後改稱余姚縣第壹人民醫院、余姚第壹醫院、余姚縣人民醫院、余姚市人民醫院，院長（革委主任）幾經易人。
1955年12月，縣人民政府衛生院住院部並入。1960年9月，在惠愛醫院舊址分設幹部肝炎療養院，1963年撤銷。
1985年7月，撤縣設市，改為現院名。
1985年被省衛生廳授予文明醫院稱號。
1990年，經浙江省衛生廳考核、評審合格，並以（1990）316號文件批準，首批升格為二級文明醫院（國標二級甲等醫院）。
1992年，為紀念余姚陽明醫院創始人宋漢章先生的建院業績，增掛“余姚陽明醫院”院牌。
2001年，經浙江省衛生廳評審合格，並以（2001）296號文件批準，升格為三級乙等醫院。2004年又順利通過省衛生廳等級醫院復評。
2002年通過省衛生廳、教育廳的高等醫學院校教學醫院評審，2004年掛牌寧波大學醫學院附屬陽明醫院。
2008年7月，醫院整體搬遷至城東新區城東路800號，2008年7月4日，新醫院全面開診。