法律分析：申請辦理種子經營許可證要經過下列程序：
（1）申請者按規定向審核機關提出申請，審核機關在5日內決定受理與否。
（2）審核機關應在收到申請材料之日起20日內完成審核工作。審核時應當對經營場所、加工倉儲設施、檢驗設施和儀器進行實地考察。具備規定條件的，簽署審核意見，上報審批機關；審核不予通過的，書面通知申請人並說明原因。
（3）審批機關應在收到審核意見之日起20日內完成審批工作。對符合條件的，發給種子經營許可證；不符合條件的，退回審核機關並說明原因。審核機關應將不予批準的原因書面通知申請人。審批機關認為有必要的，可進行實地審查。
（4）核發《農作物種子經營許可證》，並在規定期限內送達申請人。
法律依據：《農作物種子生產經營許可管理辦法》 第十壹條 申請領取種子生產經營許可證，應當提交以下材料：
(壹)種子生產經營許可證申請表(式樣見附件1);
(二)單位性質、股權結構等基本情況，公司章程、營業執照復印件，設立分支機構、委托生產種子、委托代銷種子以及以購銷方式銷售種子等情況說明;
(三)種子生產、加工貯藏、檢驗專業技術人員的基本情況及其企業繳納的社保證明復印件，企業法定代表人和高級管理人員名單及其種業從業簡歷;
(四)種子檢驗室、加工廠房、倉庫和其他設施的自有產權或自有資產的證明材料;辦公場所自有產權證明復印件或租賃合同;種子檢驗、加工等設備清單和購置發票復印件;相關設施設備的情況說明及實景照片;
(五)品種審定證書復印件;生產經營授權品種種子的，提交植物新品種權證書復印件及品種權人的書面同意證明;
(六)委托種子生產合同復印件或自行組織種子生產的情況說明和證明材料;
(七)種子生產地點檢疫證明;
(八)農業部規定的其他材料。
第十三條 種子生產經營許可證實行分級審核、核發。
(壹)從事主要農作物常規種子生產經營及非主要農作物種子經營的，其種子生產經營許可證由企業所在地縣級以上地方農業主管部門核發;
(二)從事主要農作物雜交種子及其親本種子生產經營以及實行選育生產經營相結合、有效區域為全國的種子企業，其種子生產經營許可證由企業所在地縣級農業主管部門審核，省、自治區、直轄市農業主管部門核發;
(三)從事農作物種子進出口業務的，其種子生產經營許可證由企業所在地省、自治區、直轄市農業主管部門審核，農業部核發。
第十五條 審核機關應當對申請人提交的材料進行審查，並對申請人的辦公場所和種子加工、檢驗、倉儲等設施設備進行實地考察，查驗相關申請材料原件。
審核機關應當自受理申請之日起二十個工作日內完成審核工作。具備本辦法規定條件的，簽署審核意見，上報核
發機關;審核不予通過的，書面通知申請人並說明理由。
第十六條 核發機關應當自受理申請或收到審核意見之日起二十個工作日內完成核發工作。核發機關認為有必要的，可以進行實地考察並查驗原件。符合條件的，發給種子生產經營許可證並予公告;不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。
選育生產經營相結合、有效區域為全國的種子生產經營許可證，核發機關應當在核發前在中國種業信息網公示五個工作日。