司馬睿在建康建立政權形式的時間實際是在公元311年，當時西晉處於崩潰邊緣，但沒有明確滅亡。東晉建立的時間壹般被視為司馬睿稱帝的時間。東晉政權維持了長期的偏安統治， 疆域大體上局限於淮河長江流域以南。
東晉雖然是司馬氏政權的延續，但本身司馬氏在政治上威望不高，整個朝廷都由世族大家把持，最先的壹個乃出身瑯琊王氏的王敦、王導，其後又有陳郡謝氏的謝安、謝玄等等。而世家大族中，代表者，有南下的王、謝、袁、蕭等僑姓，和本身居於江南的朱、張、顧、陸的吳姓。最初東晉有賴權臣王導主持大局，壹方面拉攏江南士族，壹方面又安排予從中原南下的士族，並以司馬家族作為***同擁戴的對象。
但世家大族本身並不真正忠於司馬氏，尤其是他們本身都擁有大量田地，以至擁有自家部隊（即所謂“部曲”），有足夠實力抗衡司馬氏政權。最初有王導主持大局，東晉政權得以穩定，故時人稱“王與馬，***天下”。但晉元帝以降則內亂頻生，如有早期王敦之亂、蘇峻之亂，後期又有孫恩、盧循之亂等。
東晉本身並沒有強大的實力，主要是憑著長江天險，偏安江南；及依靠丞相王導號召南遷避難的中原士族，並聯合南方大族，取得他們的支持。不過，南北大族之間時常發生沖突，內亂頻生，導致東晉政權並不穩定。
東晉也曾多次試圖北伐，但由於內部不團結，除了最後篡晉的劉裕取得壹定成果外，其余都無建樹。祖逖本有希望恢復舊土，但他被司馬睿挾制，郁郁而終。桓溫的北伐則被慕容垂擊敗。
東晉時，謝石、謝玄敗苻堅於淝水。淝水之戰發生在淝水之上，八公山之下，安徽壽縣古城。作肥水，源出肥西、壽縣之間的將軍嶺。前秦和東晉的淝水之戰，是中國歷史上著名的以弱勝強的戰例。留有風聲鶴唳、草木皆兵、投鞭斷流等成語。淝水之戰後，前秦瓦解，北方大亂，再次陷入長期分裂的狀態，胡人無暇南侵。東晉以弱勝強，局勢暫時穩定下來。
東晉朝重要地區用大族作鎮將，因而形成割據的局面。劉裕改用皇子作鎮將，特別是荊州江州兩鎮，所統兵甲占全國兵甲的半數，更非選皇子不可，從此建康朝廷不再受大族重鎮的威脅。
歷盡11世，此後東晉公室壹直沒有出壹個能力出眾的人力挽狂瀾。北方亂糟糟的天下，使得東晉北伐動作頻頻，這使得東晉經常出現權傾壹世的軍閥頭子，東晉政治只能實行揚州—荊州二元政治。皇帝不像皇帝，大臣不像大臣。後來的孫恩起義，使得晉朝公室所依賴的揚州集團的經濟實力被毀壞，打破了這種二元政治的格局，桓玄建國，使得晉朝公室再也沒有威信了。劉裕在這場變故中快速成長，最終成了東晉政權的掘墓人。