運輸發票稅率6%和9%的區別如下：
1、稅率不同
壹個是6%，壹個是9%。
2、對象不同
壹般納稅人提供物流輔助服務，其運輸發票稅率是6%；
物流輔助服務包括航空服務、港口碼頭服務、貨運客運場站服務、打撈救助服務、貨物運輸代理服務、代理報關服務、倉儲服務和裝卸搬運服務的運輸發票稅率是9%。
擴展資料：
運輸發票稅率標準
運輸發票稅額
1、運輸發票稅額：對增值稅壹般納稅人外購貨物或銷售貨物(固定資產除外)所支付的運輸費用(代墊運費除外)，根據運費結算單據(普通發票)所列運費金額，依11%的扣除率計算進項稅額準予扣除，但隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得計算扣除進項稅額。
2、運輸發票稅率
運輸發票票面金額除以1+11%後的值，再乘以11%計算出運輸發票稅額。
貨物運輸業增值稅專用發票(簡稱運輸發票)，壹般納稅人稅率為11%，也就是說，票面金額包含不含稅運費和稅額，其中，稅額為不含稅運費的11%
所以，計算時用公式：票面金額/(1+11%)*11%計算出稅額。