本作的劇情跨越時間為1961年-1968年，另外有壹關Reznov的回憶，控制Reznov與Dimitri並肩作戰，時間是1945年(二戰關卡)
二戰後期，帝國(納粹德國)意識到戰敗已成定局，於是開始研究“非常規方案”，之後代號為nova 6 的研究計劃啟動，由生化博士Dr. Friedrich Steiner帶隊的納粹科學家(其中有壹位叫clarke的化學工程師)成功研制出壹種毀滅性的大規模殺傷性毒氣，納粹甚至已經計劃好通過V2導彈和毒氣對盟國發動襲擊，準備先對華盛頓和莫斯科下手。幸運的是在這千鈞壹發的時刻,運載毒氣的貨輪剛巧在北極圈附近被英軍的轟炸機炸擱淺了，更倒黴的是德軍還沒來得及回收毒氣盟軍已經攻陷了柏林，大當家(希特勒)自殺了，德國投降，這樣毒氣已經沒有存在的必要，德軍曾暗中派遣壹支SS黨衛軍部隊前往保護擱淺的貨輪，並準備萬壹貨輪遭襲擊就銷毀毒氣。但是Dr.Steiner是個有野心的人，他不甘心就這麽結束，暗中聯系了蘇軍中的某軍官Dragovish(本作頭號BOSS)。於是，蘇軍計劃了壹次奧林匹斯行動(operation olympus)。
劇情按時間線編排
1945年10月29日，Dragovish和他的副官Kravchenko(本作第二號boss)帶領蘇軍第三突擊集團軍(3rd shock army)突襲貨輪殘骸，在這次行動中，原5代的蘇軍戰役豬腳Dimitri Petrenko和Viktor Reznov(dimitri就是5代中玩家控制的角色，而Reznov就是那個蘇軍戰役第壹關指導玩家狙擊德軍軍官的那個老頭，之後幾關也常有露面，嗓門很大的壹個家夥)也客串壹了下，5代中蘇軍最後壹關，dimitri和raznov攻入柏林帝國議會大廈，dimitri在勝利的最後關頭中了冷槍最後堅持把蘇聯國旗插上帝國議會大廈樓頂，之後這兩個老兄剛巧被分配到第三突擊集團軍參加了這次行動。
行動非常順利，在Dragovish、Kravchenko、Dimitri、Reznov的帶領下，蘇軍很快突入德軍內部，找到了Dr. Steiner然後順利拿到了毒氣(毒氣沒有被黨衛軍銷毀，大概是進攻太快了沒來得及)。這時，Dragovish想試試毒氣威力，同時主要也是為了滅口，將Raznov和Dimitri的部隊逮捕，之後就在那個貨船中，Dimitri在密閉倉裏被毒氣毒死，死狀非常慘，而Raznov在剛要被毒死的時候，英軍特種部隊剛好殺到(應該是來搶毒氣的)，Dragovish和Steiner等人立刻溜了，而Raznov和幾個幸存的弟兄在混亂中從英軍和蘇軍中殺了出來，並成功將貨輪炸沈，這樣英軍沒有獲得毒氣(大概也不知道有這玩意兒)，但是Dr. Steiner還活著，毒氣並沒有完全消失。之後Raznov不知什麽原因被蘇聯抓獲，關在了vorkuta勞改所。
1961年4月17日，美國對古巴發動豬灣行動，歷史上真有這次行動，不過遊戲中的劇情和歷史完全不同，CIA特工Mason(本作豬腳)和隊友woods、bowman奉命刺殺Fidel Castro(古巴GCD第壹主席)。行動非常順利，三人順利殺入古巴軍內部，Mason親手殺死Castro，woods還上前補了好幾槍，之後三人順利登上逃亡的飛機，但是在飛機在跑道上啟動時，Mason看到敵人有大量裝甲車和防空炮趕來，毅然跳下飛機利用路邊的壹座防空炮消滅敵人大量裝甲車，之後隊友的飛機順利起飛並逃走，而Mason被古巴GCD抓走。之後Mason醒來，發現自己在某海邊，旁邊有壹艘寫有RUSALRA的大貨輪(這實際上就是Dragovish發布廣播的秘密通訊基地)，而Castro竟活生生站在自己面前，另外還有Dragovish和Kravchenko!通過他們的談話得知Castro早已知道CIA的刺殺計劃，Mason他們殺死的那人只不過是個替身，之後Castro將Mason當做“禮物”交給Dragovish，並請Dragovish折磨Mason。之後Dragovish和Dr.Steiner似乎有另壹個秘密研究，他們將某些犯人進行洗腦，讓其為自己服務。由於Mason本就是CIA特工，很適合拿來作殺人工具，他們對Mason實施了洗腦，灌輸了刺殺美國總統肯尼迪的命令!同時還在Mason大腦裏植入了壹套密碼破譯程序!但是Mason不是普通人，他有超強的意誌，對他的洗腦失敗了，於是Dr. Steiner放棄了Mason，將他發配到vorkuta勞改所。
Mason來到了vorkuta，之後他遇到了Raznov，並和其成為了好朋友。Raznov壹心想要報仇(Dragovish不止壹次背叛他，而且Dimitri的仇當然也要報)，但是憑他自己似乎實力不足，然後他發現Mason身手不凡，於是計劃讓Mason幫忙，奇怪的是Raznov對洗腦的事情竟然也知道壹些，他偷偷的對Mason灌輸了：“Dragovish、Kravchenko、Steiner都必須死!”這麽個思想，而且他成功了(真扯淡，不過也可能是因為Mason和他是好友的關系，反正他的洗腦成功了)。之後他計劃將Mason送出去。而Mason自己對於被洗腦的事情壹點都不知道，而且他的大腦在洗腦中似乎有損傷，之後他在執行任務的時候經常會產生幻覺，認為Raznov在和他壹起戰鬥，其實那時候Raznov老早死了。
1963年10月6日，Raznov領導其他勞工發動了計劃好的暴亂，混亂中大量勞工被殺，Mason和Raznov並肩作戰，最後成功殺了出來(其中有駕駛摩托車的逃亡的部分，那個散彈槍單手填彈的動作真TM帥)，最後Raznov成功送Mason跳上路過的壹列貨運火車，而他自己為了讓Mason能成功脫身而駕駛卡車朝另壹個方向開去以吸引追兵的註意。之後Mason成功逃出，而在後來Hudson的分析中得知Raznov自己沒成功，在這次逃亡中被殺死了。之後劇情中Raznov經常會在關鍵時刻出現幫助Mason，那實際上都是Mason的幻覺。
壹個月後，1963年11月10日，Mason回到了五角大樓，在通過忠誠測試後，又重新成為CIA特工，Jason Hudson成為了他新的handler(這個不知道怎麽翻譯，如果妳玩過細胞分裂，那個蘭伯特就是費舍的handler)。肯尼迪總統親自召見了Mason，給了他壹個刺殺Dragovish的任務，Mason當然接受了任務。
壹周後，1963年11月17日，CIA實施了閃電行動，幾名特種部隊戰士(Woods、Mason、Bowman、Weaver、Brooks)襲擊了蘇聯的baikonur太空基地，任務包括：破壞蘇聯的遠程導彈(火箭)，消滅蘇聯激進分子(包括Dragovish)以及壹些投降蘇聯的納粹科學家，Weaver在這次行動中被弄瞎了壹只眼，最後眾人殺到火箭控制臺卻發現控制臺壞了，無法停止發射遠程導彈(火箭)。但是蘇聯的科學家想的太周到了，他們早已考慮到萬壹有員工不小心發射了火箭而控制臺剛好失靈無法終止的情況，於是事先在控制臺門口存放了壹支火箭發射器用來把火箭打下來，之後Mason執意要找到Dragovish並親手殺死他(被洗腦的後果)，但是Dragovish早已逃走。