1、區別是全資壹定是直接控股，百分百控股可能是間接控股。
如B公司只有A公司壹個股東，即A公司擁有B公司 100%的股權，則B公司是A公司的全資子公司。A對B是直接控股。
如B公司有A公司和C公司兩個股東，A公司擁有B公司30%的股權，C公司擁有B公司70%的股權，表面看C公司是B公司的控股股東，但A公司擁有C公司100%的股權，則A公司實際上擁有B公司百分百的股權，對B公司形成實際上的間接控股。
2、股東人數不同
如B公司是A公司的全資子公司，則B公司只能有A公司壹個股東。如A公司對B公司百分百控股，B公司可能有兩個及以上股東。
全資子公司是指只有壹個法人股東的公司。
資子公司是在中國存在的壹種特殊情況，是中國在改革開放當中出現的壹種特殊情況。全資子公司作為壹個獨資的子公司，實際上是“壹人公司”，《中華人***和國公司法》經修訂之後，於2005年10月27日舉行的第十屆全國人大常委會第十八次會議全體會議上決議通過。從2006年1月1日起實行在2006年1月1日《公司法》修訂前，只有國有獨資公司可以設立全資子公司。2006年1月1日《公司法》修訂後，容許設立壹個自然人股東或者壹個法人股東的有限責任公司，即壹人有限責任公司。
B公司只有A公司壹個股東，即A公司擁有B公司100%的股權，則B公司是A公司的全資子公司。
對於全資子公司，《公司法》有特別規定：
1、註冊資本最低限額為人民幣十萬元。股東應當壹次足額繳納公司章程規定的出資額。
2、股東為自然人的不能投資設立新的全資子公司。