壹、機構性質不同
中國科學院為中國自然科學最高學術機構、科學技術最高咨詢機構、自然科學與高技術綜合研究發展中心。是國家在科學技術方面的最高咨詢機構。負責對國家科學技術發展規劃、計劃和重大科學技術決策提供咨詢。
中國工程院是中國工程技術界最高榮譽性、咨詢性學術機構，國務院直屬事業單位。具有很高的工程科學技術水平和在國際上享有良好聲譽，對中國工程科學技術事業發展做出貢獻或在促進我國工程科學技術界國際交往方面有重要作用的外國籍專家、可被提名並當選為中國工程院外籍院士。
二、科學成就不同
中國科學院提出了建設國家創新體系的構想，先後實施知識創新工程、“創新2020”、《“率先行動”計劃暨全面深化改革綱要》，提出了《迎接知識經濟時代，建設國家創新體系》、《創新促進發展，科技引領未來》、《創新2050：科學技術與中國的未來》等戰略研究報告。
中國工程院先後開展聯合培養博士生試點工作，實施了教育部工程科技人才培養研究專項、工程科技人才培養課題研究、舉辦國際工程科技發展戰略高端論壇等論壇會議。在工程科學技術方面作出重大的、創造性的成就和貢獻，熱愛祖國，學風正派，品行端正。
擴展資料：
教育部工程科技人才培養研究專項：
據2016年10月中國工程院官網顯示，中國工程院每年從咨詢研究經費中列支工程科技人才培養咨詢研究專項，每年經費支持額度約300萬元，用於資助院士及相關專家開展工程科技人才培養方面的咨詢研究。
教育部從人文社會科學研究基金中列支工程科技人才培養研究專項基金，每年經費支持額度約300萬元，用於資助高校教師和相關研究人員開展工程科技人才培養方面的基礎研究。
雙方在每年年初根據國民經濟和社會發展的需要，***同進行“工程科技人才培養研究聯合資助”項目的頂層設計，並研究確定年度資助的重點領域和主要方向。
專項項目的研究周期壹般為2年，在1年中由教育部和中國工程院聯合進行中期檢查。2015年度教育部人文社會科學研究專項任務項目（工程科技人才培養研究）壹般項目***有22項課題通過評審。
工程科技人才培養課題研究：
據2016年10月中國工程院官網顯示，教育委員會自成立以來，組織開展了十余項咨詢課題研究，提出了50余項研究報告和咨詢建議，“開發我國工程技術人員創新能力的對策研究”、“中日韓工程教育比較研究”、“關於推進我國註冊工程師制度的研究”。
2006年，中國工程院啟動了“創新型工程科技人才培養研究”前期研究。在此基礎上，2007年正式啟動了《創新型工程科技人才培養研究》重大咨詢專項。
該項目涉及院士、專家眾多，分為12個分課題進行研究，並且還由香港理工大學承擔其中壹個分課題研究。項目進行過程中組織了各類規模的研討會、交流會、論壇十余次。
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