1、航道問題：欽州港的航道和航線相對不足，導致船只進出港口的能力受限。航道的狹窄或淺水限制了大型船只的通行，影響了港口的運輸能力和效率。港口的信息化程度受到限制，缺乏足夠的航道和航線無法滿足大規模的物流需求。
2、通關效率問題：欽州港口通關效率低下是導致信息化程度低的壹個重要原因。通關效率低下表現為申報流程繁瑣、審核時間長等問題。港口缺乏統壹的電子系統，企業在申報信息時要多次重復操作，增加了時間和人力成本。通關流程的不暢通也導致物流信息化程度低下，信息的傳遞和***享受到了阻礙。
3、收費問題：欽州港口的收費體系存在多頭收費和收費標準不透明等問題。表示港口服務的收費方式不夠統壹和透明，給企業和物流運營商帶來不確定性和額外的負擔。缺乏明確的收費標準和規範降低了港口的競爭力，限制了港口信息化的發展。