發展和改革、公安、邊防、財政、水利、交通、海事、旅遊、市場監督管理、環境保護、國土資源等部門，按照各自職責做好漁業管理相關工作。
鄉（鎮）人民政府和村民委員會應當協助配合有關部門做好轄區內漁業管理工作。第四條 自治縣人民政府應當組織漁業、發展和改革、水利、交通、旅遊、國土資源等部門根據水域功能區劃、土地利用總體規劃，編制水域、灘塗養殖規劃。水域、灘塗養殖規劃應當向社會公布。
自治縣人民政府漁業行政主管部門根據水域、灘塗養殖規劃，科學合理確定養殖方式、養殖品種和養殖容量。第五條 自治縣實行國有水域、灘塗有償使用制度，具體辦法由自治縣人民政府另行制定。
依法取得漁業使用權的水域、灘塗受法律保護，其他任何單位和個人不得侵犯。第六條 自治縣應當定期組織有資質的相關科研機構對水域生態承載能力進行評估，並按照水域生態承載能力確定網箱養殖規模。
網箱養殖區域禁止捕撈天然水生動植物。第七條 自治縣對公***漁業水域、灘塗中的魚、蝦、蟹、貝類產卵場、索餌場、越冬場以及洄遊通道予以保護，除網箱養殖以外，不得劃作其他養殖場所。第八條 從事水產養殖生產應當保護水域生態環境和實施節能減排，鼓勵推廣使用符合水產飼料行業標準的人工配合飼料。第九條 漁業養殖用水和養殖水體的水質，應當符合漁業水質標準。
漁業捕撈應當在符合漁業水質標準的水域內作業。第十條 自治縣人民政府漁業行政主管部門應當對本行政區域內大型水庫的漁業資源進行調查評估，按照捕撈量低於漁業資源增長量的原則，確定可捕撈量，采用限制捕撈漁船數量和功率的方式調節捕撈能力、控制捕撈強度。
太平灣水庫捕撈漁船不得超過400艘（條），總功率不得超過600千瓦；太平哨水庫捕撈漁船不得超過200艘（條），總功率不得超過300千瓦；蒲石河抽水蓄能電站下庫捕撈漁船不得超過100艘，總功率不得超過150千瓦。
拖網漁船單機功率不得超過111千瓦（150馬力）；刺網作業漁船單機功率不得超過22千瓦（30馬力）；池沼公魚、大銀魚作業船單機功率不得超過19千瓦（25馬力）；其他輔助漁船單機功率不得超過111千瓦（150馬力）。第十壹條 自治縣對捕撈業實行捕撈許可制度。在自治縣公***漁業水域使用漁船從事魚、蝦、蟹、貝類捕撈作業的，依法辦理內陸漁業船舶證書；捕撈除魚、蝦、蟹、貝類以外的水生動植物或不使用漁船從事捕撈作業，以及垂釣的，依法辦理臨時捕撈許可。未取得捕撈許可不得擅自進行捕撈。
從事捕撈作業的單位和個人，應當按照捕撈許可載明的作業類型、場所、時限、漁具數量進行捕撈。
捕撈許可應當隨船、隨身攜帶。第十二條 取得捕撈許可的單位和個人，應當依法繳納漁業資源增殖保護費。
自治縣漁業資源增殖保護費征收標準：
（壹）從事專項品種捕撈：香魚每船每年征收400元；池沼公魚拉網每盤每年征收1000元，燈光敷網每盤每年征收500元；大銀魚每船每年征收800元；青蝦、河蟹、水蛭每船每年征收400元。
（二）從事除專項品種以外捕撈：非機動漁船每船每年150元，機動漁船12馬力以下每船每年200元，12馬力以上（含12馬力）每年每馬力24元。
（三）臨時捕撈許可每證每年100元。第十三條 在自治縣公***漁業水域，捕撈、采集、移植香魚、池沼公魚、大銀魚、青蝦、河蟹等有重要經濟價值水生動物苗種、懷卵親體、受精卵，應當向省漁業行政主管部門申請批準。第十四條 禁止使用炸魚、毒魚、電魚、攔斷江河捕魚、掏幹鍋捕魚、魚鷹捕魚等破壞漁業資源的方法進行捕撈。
在特定水域確有必要使用魚鷹捕魚時，必須經自治縣人民政府漁業行政主管部門批準。