企業內部控制信息系統建設應當以較為完善的內部控制體系建設為基礎和起點。企業在開展內部控制體系建設的同時規劃內部控制信息系統建設，壹般采用以下四個步驟：
1.內部控制體系建立
企業根據內部控制規範體系的要求，結合業務現狀以及相關業務流程，梳理企業內部業務流程、主要風險及控制點，制定相應控制措施，形成企業內部控制制度和控制文檔，建立企業內部控制體系。
2.內部控制信息系統建設可行性分析
企業在建立健全內部控制制度和控制文檔的同時，可以根據內部控制體系建設工作開展的具體情況，分析建立內部控制信息系統的必要性，比如，（1）內部控制體系建設是否已經基本形成，相關工作成果是否可以作為內部控制信息系統的基礎數據；
（2）企業是否已經或正在建立信息系統建設整體規劃，內部控制信息系統是否可以較好地融入企業信息系統建設整體規劃中；
（3）企業中參加內部控制體系建設的相關人員是否已經經過比較全面的培訓，對內部控制相關工作的認知度和接受度較強；
（4）內部控制信息系統的建設是否能夠幫助相關人員提高工作效率，同時不會導致其增加額外的工作量；等等。
企業根據內部控制信息系統建設可行性分析結果，形成可行性分析報告，確定內部控制信息系統建設的基本模式和路線圖。
3.對企業現有信息系統進行更新改造
內部控制信息系統建設涉及對企業現有信息系統的更新改造。企業根據內部控制信息系統建設可行性報告，結合企業現有信息技術水平和管理狀況，完善對原有系統的更新改造，將內部控制體系建設對原有系統功能的相關改進在信息系統中予以實現。
4.全面建成內部控制信息系統
建立健全內部控制信息系統，通過內部控制信息系統與原有信息系統提取式和嵌入式的集成，實現內部控制信息系統的全面建設。內部控制信息系統從架構上應該獨立於企業各個業務系統，其具體功能包括對企業內部控制制度和控制文檔的管理與維護，並支持企業的內部控制職能部門對企業內部控制有效性進行測試和評估，從而實現企業內部控制工作的持續完善和優化。