出版社內設機構有水利水電出版分社 （《中國水利年鑒》編輯部、水利水電技術標準咨詢服務中心、水利誌書編輯室）、電力電氣出版分社、教育出版分社、萬水出版分社、土木建築出版事業部、少兒出版事業部、外語出版事業部、稿件處理中心、裝幀出版部、市場推廣部、發行部、國際合作部、數字出版中心、資本運營部等業務部門，以及社長辦公室、黨委辦公室、財務資產部、出版管理部等管理部門。此外，出版社另有壹個副牌——奔流電子音像出版社，並設有北京萬水電子信息有限公司、北京科水圖書銷售中心、北京瑞興文化藝術中心等法人企業。在社本部和水利部機關大樓，分別設有北京科水書店和水雅書屋。在全國各主要城市，還設有40余家水利水電專業發行站和專業書店。現有各類職工300余名。