超凈臺使用過程中涉及了兩種滅菌方法。分別是紫外線直接照射殺菌，紫外電離空氣產生臭氧殺菌，超凈工作臺是為了適應現代化工業、光電產業、生物制藥以及科研試驗等領域對局部工作區域潔凈度的需求而設計的，是將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以形成無菌的高潔凈的工作環境。
超凈工作臺滅菌過程
接通電源，提前40分鐘開機同時開啟紫外殺菌燈，處理操作區內表面積累的微生物，30分鐘後關閉殺菌燈啟動風機，操作結束後清理超凈工作臺臺面，關閉風機及照明開關，用清潔劑及消毒劑擦拭消毒，最後開啟紫外燈，照射消毒30分鐘後關閉紫外燈，切斷電源。
超凈工作臺的原理是在特定空間內，室內空氣先經過前置過濾器過濾，再由小型離心風機壓入靜壓室，再經過細密空氣過濾器過濾，從空氣過濾器出風面流出的潔凈氣流具有壹定且均勻的截面風速，可去除工作區原有空氣，帶走灰塵顆粒和生物顆粒，形成無菌潔凈的工作環境。