壹、正常結局
大致與98版相同，不過在看結局之間還要在水下迷宮中找到拜月與水魔獸的合體怪獸，將其幹掉後，靈兒傷口迸裂，垂死的拜月吸取靈兒流出的女媧血後，得到了不死之身，靈兒用旋風咒將逍遙和阿奴送出水面，自己則與拜月同歸於盡(從這裏起與98版完全相同，當然動畫更美觀，故情節省去)
1)標準結局：壹段制作人員列表過後，鏡頭回到盛漁村(逍遙的家鄉)，又回到了盛魚村，玩家操縱王小虎。王小虎來到市集的木匠店，壹名蠻不講理的客人要求換椅子，學徒小貴子請求小虎請正在修籬笆的師父回店。小虎來到十裏坡下的籬笆前，把事情告訴夫木匠師傅，木匠師傅便匆匆離去。王小虎來到十裏坡頂，看見李逍遙正要跳到對面的山崖，秀蘭在壹旁勸住。李逍遙壹下子跳了過去……十四年後，王小虎已長成身強力壯的青年了，在兩個山崖中搭了壹個橋，又是個風卷雲殘，預告仙劍2代劇情……
二)月如版隱藏結局：
時機：把收集的36只傀儡蟲交給聖姑之前。
條件：在羅殺洞1（夢境）時，沒有問土妖，金錢也必須是0。
物品：
七大毒蠱:金蠶蠱，孔雀膽，血海棠，斷腸草，無影毒，三屍蠱，鶴頂紅。
鞭子系列：長鞭，九節鞭，金蛇鞭。
法寶系列：吸星鎖，捆仙繩，雷火珠，血玲瓏。
武器系列：金童劍，玉女劍，越女劍，鳳鳴刀。
暗器系列：銀針，袖裏劍，透骨釘，梅花鏢，無影神針。
其他物品：聚寶盆，七彩玉靈芝，靈心珠，六十六只傀儡蟲，九只金蠶王。
物品的收集與使用（按遊戲進程順序）
1、夢境中：第三個木箱不要打開，避開土怪。
2、梅花鏢：余杭客棧逍遙房間左邊的客房內--調查木床可得。
3、越女劍：蘇州城外--逍遙、靈兒蘇醒後拾得。
4、三屍蠱：蘇州城武器行內--大門右側。
5、袖裏劍：蘇州客棧救劉晉元時--從紅衣強盜那偷取。
6、銀針：蘇州城--從兩位婦女圍著的壹商販那購買（另外：揚州城--從女飛賊身上偷取）。
7、長鞭：林月如自備（另外：長安城尚書府雲姨房間--入口下方壇子中）。
8、無影毒：血池--有壹木箱，再往前走就該打赤鬼王了。
9、血玲瓏：血池底--從赤鬼王身上偷取。
10、金蠶蠱：鬼陰壇底層：地圖中央壹木箱，左邊有壹木桌。
11、九節鞭：揚州城武器行。
12、斷腸草：蛤蟆洞--從金蟾鬼母那偷取。
13、玉女劍、金童劍、金蛇鞭：長安城武器行（準備好34100文錢哦！）。
14、鶴頂紅：長安城澡堂--左下方紫色鮮花旁（另外：聖姑家後--與蓋羅嬌戰鬥時偷取）。
16、捆仙繩：鎖妖橋--從壹穿臉黑胡的胖漢那偷取。
17、金蠶王：鎖妖塔第壹層--有壹土地屬性的龍，反復進行“偷取--逃跑--遇敵--偷取”，四顆八仙石煉壹個金蠶王（參考：A、大理城壹隱秘小店有售，9000文/個，由城門直向前有壹木梯，上去過壹房間即到；B、水底迷宮的兩個木箱中；C、從假巫王、合體獸身上偷取）。
18、鳳鳴刀：鎖妖塔第七層（與仙劍派前輩戰鬥的那壹層）——地圖上方右邊那個木箱（另外：再次來到羅剎洞，從夢幻中的林月如身上偷取）。 19、靈心珠：鎖妖塔劍柱--唯壹的壹個木箱內。
20、孔雀膽：樹洞通道--入口向上，左走過壹石橋，盡頭有壹木箱。
21、食蠱鳥（非必需物品）：
（1）獲得：在桃源村，見到壹只小雞，第壹次遇到會逃跑，第二次遇到並將其圍在死角得到。
（2）使用：在試煉之窟第二層，有壹小洞穴，可放食蠱鳥進去，食蠱鳥吃完毒蟲後產下蠱卵，用於煉傀儡蟲等其它蠱物。
22、七彩玉靈芝：桃花林--離開桃源村後的第二張地圖--入口右邊隔著壹行桃樹有壹靈芝狀物品，其右邊是壹潭湖水。
23、血海棠：試煉之窟--從紅色九頭蛇那偷取。
24、聚寶盆：試煉山神殿--地圖南部壹個大島，有壹木箱處於狹長過道中，且被墻半掩著。
25、金錢為零：
（1）進大理城，把身上的錢全部用於買金蠶王之類的貴重物品。
（2）或進大理城，走左邊第壹個岔路口，進井口上邊那個房間，可憐可憐那個騙子，聽他對“仙劍”花言巧語壹番。
26、啟動條件：回聖姑家，不要與聖姑對話，直接調查林月如後：A、屏幕閃白。B、調查林月如顯示：“林月如冰冷的身軀似乎有壹絲暖意。” C、上述所有物品消失。
結局：
在水下迷宮中找到拜月與水魔獸的合體怪獸，將其幹掉後，靈兒傷口迸裂，垂死的拜月吸取靈兒流出的女媧血後，得到了不死之身，靈兒用旋風咒將逍遙和阿奴送出水面，自己則與拜月同歸於盡。在落日的余輝映照,天蛇杖緩緩落下。
壹番悲痛之後，逍遙辭別阿奴，踏上返鄉之路，阿奴黯然神傷地吹笛為他送行。
風雪茫茫，逍遙舉步為艱，迷茫間，遠遠看見雪中的壹棵大樹下，壹個熟悉的身影在默默守候，(鏡頭拉近)原來是月如(這應該是聖姑所要的那36只傀儡蟲的作用了)手撐壹傘，懷抱憶如，正深情地望著逍遙。逍遙大步趕了上去……
壹段制作人員列表過後，時間切換到8年後，身為蜀山代理掌門的逍遙處理完事務後回到林家堡，剛與林忠對話不到兩句，後院傳來尖叫之聲，得知憶如被人綁架，壹路追蹤到隱龍窟大殿(沿途可發現散落的憶如衣物)，遇到“寶家林雙俠”，與其中的小飛賊對戰(不須打，只要防守幾個回合即可)，卻發現竟是憶如在胡鬧，正要教訓憶如，姬三娘(不要說忘了她是誰)神秘出現，與之力戰(必須戰勝)，卻發現她使出了“斬龍訣”，追問，月如這才露出真容，壹家人喜笑顏開 ……
三）靈兒版隱藏結局：
時機：替聖姑去試煉窯收集36只傀儡蟲之前。
物品：
咒符系列：風靈符，水靈符，土靈符，雷靈符，火靈符，天師符。
毒物系列：忘魂花，紫罌粟，醍醐香，迷魂香，屍腐肉，蝮蛇涎，纏魂絲。
毒蟲系列：蜂巢，毒龍砂，赤蠍粉，化屍水。
裝備系列：玉鐲，絲衣，香袋，繡花鞋，仙女劍，青絲巾，青鋒劍，金罡珠，五毒珠。
其他物品：青龍碧血玉，七顆女媧石，糖葫蘆，壽葫蘆。
物品的收集與使用
1、純陽劍、木劍：夢境中，拿到第三個箱子中的神仙茶後，出現土怪，用木劍換下純陽劍借出；木劍可於醒來獲得。
2、風靈符、雷靈符、水靈符、火靈符、土靈符：仙靈島迷宮的神像旁。
3、糖葫蘆：水月宮靈兒房間右下角的燈籠旁（也可在蘇州城當鋪前壹商販買到）。
4、香袋、青絲巾、絲衣、仙女劍：靈兒自備（打死人形蜘蛛精後可得另壹件絲衣）。
5、玉鐲、繡花鞋、銀釵：李大嬸送的包袱（也可在蘇州城，兩婦女圍著的壹商販那裏買到）。
6、蜂巢：余杭村十裏坡--戰鬥中，從蜂窩那偷取。
7、蝮蛇涎：隱龍洞--從巨型褐色蝮蛇那偷取。
8、屍腐肉：隱龍洞--木箱，位於第二個“Y”字形岔道的左支（另外：黑水鎮廢棄民宅--從僵屍那偷取）。
9、化屍水：隱龍洞內殿--下方屏風右邊的壇子（另外：黑水鎮入口壹廢棄藥店內）。
10、忘魂花：隱龍洞內殿--與狐精戰鬥時偷取。
11、毒龍砂：韓醫仙家外左邊桃樹上方{補：林家東廂房門外右下方}。
12、纏魂絲：黑水鎮廢棄民宅區盡頭--有壹民宅門口被蜘蛛網封死，進不去，調查蜘蛛網可得。
13、紫罌粟、醍醐香：在鬼陰壇靈兒離開後，打開木箱得到“煉蠱皿”，可由其它物品煉制：
紫罌粟=贖魂燈+屍腐肉/贖魂燈+蝮蛇涎 醍醐香=贖魂燈+孟婆湯/食妖蟲+碧血蠶
{另外：揚州客棧柳媚娘房間--紫罌粟，房間右邊壹盆景旁；醍醐香，調查木床可得}
14、青鋒劍：揚州城南酒店右邊的武器店--將生銹鐵劍交給磨刀師傅打造（需要2500文錢），離開揚州城前，取回青鋒劍。
15、迷魂香：揚州城--女飛賊房屋右邊城墻墻頭壹木箱內{揚州城姬宅密室--紫金葫蘆右邊壹木箱}。
16、五毒珠：蛤蟆谷--打敗金蟾鬼母和蛤蟆精後，調查蛤蟆精。
17、女媧石：鎖妖塔第壹層--有壹條土地屬性的龍，反復進行“偷取--逃跑--遇敵--偷取”（四顆八仙石可煉壹金蠶王）。
18、金罡珠、壽葫蘆：桃花林--打敗木道人後得到。
19、赤蠍粉：聖姑家後門--從巨型蠍子那偷取{補：鎖妖塔第十層下方壹木箱}。
20、天師符：長安城賣暗器的地方或者是酒店驅妖的道士處出售，黑水鎮等地也有。
21、青龍碧血玉：再次來到羅剎洞，開始壹段迷宮與夢境相似，可再次遇到土怪，取回純陽劍，得到青龍碧血玉。
使用說明：在靈兒生產後，聖姑會請李逍遙跑腿去試煉窟拿36只傀儡蟲，如果這個時候，玩家具有上述的所有物品；或者收集完36只傀儡蟲回到聖姑家，把傀儡蟲交給聖姑之前。
對靈兒使用青龍碧血玉後：A、聽到壹段李逍遙在仙靈島上偷看靈兒洗澡的音樂；B、調查靈兒顯示：“趙靈兒熟睡的臉龐上洋溢著幸福的笑容……”；C、上述所有物品消失。
結局：
在劇情中靈兒還是會和拜月同歸於盡，不過在天蛇杖落下之時，鏡頭慢慢地切換成了逍遙和靈兒深情對望………
壹段制作人員列表過後，時間切換到8年後，仙靈島上，憶如與六個小妖玩捉迷藏的遊戲(其中有個叫阿皮的比較難找，須沿進島方向在下方有樹壹側慢慢調查)，找完後，李大娘來叫憶如回去吃飯，半路上憶如又去抓蝴蝶。逍遙只得親自去找憶如，在水月宮外遇到靈兒，***憶往事，這時，憶如也回來了……
祝妳玩得愉快！！！