***同點
1、 商標註冊申請基本程序大致相同，都是經過查詢（檢索）、申請、費用交納、形式審查（接獲申請）、實質審查（檢索及審查）、公告、異議（第三人反對）及註冊等程序。
2、 商標權的實體規定上也有許多***同點，商標要有顯著性；商標保護有效期為10年；三年不使用可撤銷；受《保護工業產權巴黎公約》保護，享有優先權和馳名商標特殊保護；商標權可進行轉讓、變更、許可；規定了對商標侵權行為進行民事或刑事制裁。
主要區別
1、 使用原則與註冊原則的區別：香港的商標法以使用原則為主，註冊原則為輔；而內地的商標法以註冊原則為主，使用原則為輔。
2、 獲取商標權時間的計算方法不同：雖然香港商標權的有效期與內地商標權的有效期都為10年，但在兩地商標權的取得時間卻不同。在香港商標權的取得時間系從提交商標註冊申請之日計算，而內地商標權的取得時間卻從商標被核準註冊之日起計算。
3、 自然人申請商標限制不同：香港商標法和內地商標法都允許自然人申請商標，香港對自然人申請商標沒有特殊限制，但內地商標法從2007年2月12日起，自然人申請商標開始設定壹定的限制，以自然人名義申請商標註冊的，需提供個體工商戶營業執照等相關材料。
4、 實踐中所需時間不同：在香港從申請到取得商標權的時間約需6－9個月，而在內地從申請到取得商標權的時間約為2年或更長時間。
5、 商品或服務選擇要求不同：在香港壹次商標註冊申請可根據商標註冊用商品和服務國際分類表選多類商品或服務，寫明商品或服務時可填整個類別的商品或服務；而根據內地商標法只能壹類壹標壹註冊，選擇商品或服務也只能在壹類項下最多選10個商品，否則加收費用。
6、 防禦商標規定的不同：防禦商標是商標所有人在不同類別的商品或服務上註冊若幹相同商標，主要使用的商標為基礎註冊商標，其余為防禦商標。香港商標法明確規定了可申請防禦商標，更加有利於保護馳名商標，而在內地防禦商標只是學理概念，尚未成為法律規定的概念。
7、 代理制度的區別：依據香港商標法，其他國家或地區的權利人可以委托任何人士、合夥商行或公司在商標註冊處的任何法律程序中以商標代理人身份行事，只要代理人有在香港的住所或業務地址；而外國人或者外國企業在中國內地申請商標註冊和辦理其他商標事宜的，應當委托國家認可的具有商標代理資格的組織代理。
8、 主管部門及權利不同：香港主管商標註冊的部門是中華人民***和國香港特別行政區知識產權署商標註冊處；中國內地主管商標註冊的部門是中華人民***和國工商行政管理總局商標局。香港海關是唯壹有權查處商標侵權行為的機關，我國內地查處商標侵權行為的機關壹般為各級工商局公平交易部門。