2006年3月，擔保中心自身經營積累轉增資1億元，註冊資本增至3億元人民幣。2007年起根據市委市政府關於事業單位改革的文件要求，擔保中心劃轉至市國資系統管理，2008年1月16日正式更名為深圳市中小企業信用擔保中心有限公司（以下簡稱“擔保中心”或“公司”），由事業單位變更為國有獨資有限責任公司，股東單位為深圳市投資控股有限公司。控股公司大力支持擔保中心發展，2008年底增資2億元人民幣，擔保中心現註冊資本5億元人民幣。
擔保中心的業務包括貸款擔保、委托貸款、保函業務、投資業務、政府專項資金擔保、發債擔保、科技三項費用擔保、上市融資擔保、委托評審、融資顧問咨詢等，從不同角度滿足中小企業融資需求。
截至2008年底，擔保中心已累計為5246家中小企業提供了235億元貸款擔保，2008年全年為1120家中小企業提供貸款擔保64.5億元，其中最體現高端服務業特征、中小企業最迫切需要的融資性擔保比例占全部業務的85%以上。擔保的動態過程促進了中小企業的發展，帶來了稅收增長和就業增加。與此同時，擔保中心積極推動中小企業上市工程，截至目前，客戶中已有上市公司26家，擬上市公司210家。在取得良好社會效益的同時，擔保中心經濟效益十年持續增長，凈資產由最初財政投入的2億元增長至5.6億元。在自創的四全風險管理體系保障下，十年累計代償率（代償余額/累計擔保金額）始終控制在萬分之水平內，風險控制水平創國家級企業新紀錄。超額完成控股公司任務指標，確保了國有資產的保值增值。由於良好的業務運營能力和風險控制水平，擔保中心連續兩年在國家組織的擔保機構信用評級中獲評AAA級。
擔保中心基本與深圳市所有商業銀行建立了合作關系，與20家合作銀行均采取“壹票否決、八二分擔、三項擔保、六月代償”的合作原則，公司推薦項目壹次通過率達96%。
人力資本是企業最重要的資本，優秀人才是擔保中心的第壹資源。截至2009年9月底，擔保中心***有員工81人，來自全國22個省市地區，畢業於34所國內外知名院校和14所海外知名高等學府，碩士研究生以上學歷占員工總數的81%，復合型人才占44%，海外留學歸國人員占23%，壹線業務人員占比81%，平均年齡31歲。正是這樣壹批來自五湖四海、不同學歷、專業背景的員工，以高度的事業心、責任感，團結壹心，打造出擔保中心十年持續增長的局面。2008年，全體員工沒有因外部環境變化、風險控制難度加大而產生畏難情緒，在大家的***同努力下，擔保中心克服了金融危機帶來的不利影響，保持了機構穩健發展的勢頭。在企業界紛紛承諾不減薪、不裁員的緊縮日子裏，擔保中心2008年員工總數較上年增長了18.8%，既儲備了進壹步發展的人才，且保持了增人增效的趨勢。
擔保中心對科學管理的追求是無止境的，從工作的每壹個細節點滴積累，認真總結分析，並根據行業特點和機構運營情況，自主創新管理模式，取得了壹些成果，在全國業內得到了較為廣泛的認同。2003年，《“四全”風險管理體系》參加第四屆深圳市企業管理現代化創新成果評選，榮獲壹等獎；2004年《中小企業信用擔保風險管理體系的構建》榮獲國家級企業管理現代化創新成果壹等獎。2005年深圳擔保中心全票當選首屆“全國十大最具影響力中小企業信用擔保機構”。2007年榮獲中國“最具自主創新能力企業”壹等獎，在中央電視臺07’新財富年會上，被評為全國十大中小企業“成長之星”。2008年當選首批“中國擔保500億上榜機構”，董事長葉小杭被全票推選為首屆“中小企業信用擔保機構領軍人物”。成績代表過去，各界的認可和鼓勵對擔保中心未來的工作是壹種激勵和鞭策。
此外，擔保中心積極促進信用擔保體系建設，現擔任全國中小企業信用擔保機構負責人聯席會議召集人單位、中國中小企業協會副會長單位、深圳市信用擔保同業公會會長單位，是全國中小企業信用擔保機構孵化服務基地。擔保中心十年來壹直為緩解中小企業融資難，推動中小企業信用擔保行業發展而積極探索和努力。