通過對植物病毒功能基因、病毒-寄主互作和植物抗病機制的研究，利用正反向遺傳學技術，結合基因組學和蛋白質組學的最新進展，鑒定出病毒的關鍵致病基因，並揭示其致病機理。篩選和驗證編碼該病毒的宿主蛋白，分析蛋白質相互作用對植物物質、能量代謝系統、病害防禦系統和信號轉導系統的影響，揭示病害發生的分子基礎，發現潛在的關鍵致病因子和抗病關鍵基因；為提出針對性的反病毒策略奠定了基礎。
植物病毒病流行預警及綜合防治研究
以植物病毒分子檢測為基礎，建立糧食、油料、蔬菜、花卉等多種植物病毒的鑒定、診斷和監測體系，分析病毒病害、媒介攜帶率、媒介密度與侵染率、為害率、產量損失率的關系，制定重要病毒病害的預警和防治指標；結合抗病種質的篩選和推廣，整合物理、化學、生物等多種可持續防控技術，建立有效的植物病毒病預警技術和綜合防控技術。
抗病新種質和脫毒苗的創造與推廣研究
以植物病毒致病性的分子基礎研究為基礎，結合抗病野生資源種質和抗病基因的發掘和利用，應用潛在抗病基因和構建的抗病策略，通過安全轉基因手段，創造具有抗性(耐受性)的新作物種質，培育具有病毒抗性和媒介抗性的新品種；研究開發植物組培苗(脫毒苗)生產技術，建立植物組培中心，逐步形成脫毒苗研發和產業化體系，逐步推廣相關植物脫毒苗的規模化應用，預防和控制病毒病的發生和危害。
植物抗性的生理和生物技術研究
利用多種現代分子生物學技術，分析了植物抗病基因的抗病機制和功能特性。通過新型無標記轉基因技術和分子標記輔助選擇技術，與常規育種技術緊密結合，將抗性相關基因快速導入相關作物，建立適合大規模快速基因操作的新方法，創造和培育具有自主知識產權的新種質，可防控有害生物危害，保障作物安全生產和可持續發展。