1937年12月15日，日軍在司法院難民區搜捕平民1000余人，被解除武裝的軍警400余人，總計2000余人，全部押至漢中門外，用機槍掃射，復用木柴，汽油焚燒。1937年12月15日下午2時，在挹江門姜家園南首，將居民300余人或用機槍射殺，或縱火燒死，無壹幸免。1937年12月15日，日軍將所俘軍民9000余人，押往海軍魚雷營用機槍密集掃射殺害。1937年12月16日，日軍將華僑招待所難民5000余人，押至下關中山碼頭，用步槍、機槍射死，爾後又把屍體推入江中，毀屍滅跡。1937年12月16日上午10時，在中山北路前法官訓練所舊址，將平民呂發林等100余人，拖至四條巷塘邊，用機槍射殺，無壹幸免。1937年12月16日上午，在鼓樓五條巷四號難民區內，日軍將被俘軍民石巖、王克村等數百人，驅趕至大方巷廣場上，以機槍射殺。1937年12月16日，在傅佐路12號，日軍將平民謝來福、李小二等押至大方巷塘內槍殺，罹難者200余名。1937年12月17日，日軍將逃至三叉河放生寺及慈幼院的男女400多名難民和被解除武裝的軍人，用機槍掃射，予以殺害。1937年12月17日，日軍將從各處搜捕來的軍民和首都電廠許江山等3000余人，在煤炭港至上元門江邊，用槍殺、火燒，全部殺害。1937年12月18日，日軍在下關南通路以北，將被俘軍民300余人，集中該處麥地內，用機槍射殺，無壹幸免。1937年12月18日，在大方巷難民區內，日軍將青年單耀亭等4000余人，押送下關，用機槍射殺，無壹生還。1937年12月18日夜，日軍將圈禁於幕府山下的軍民57400余人，用鐵絲兩人壹紮，驅至下關草鞋峽，先用機槍掃射，繼用刺刀亂戳，最後澆上煤油，縱火焚燒，殘余骸骨均投於江中。1937年12月19日上午，在龍江橋口，日軍將被俘軍民500余名綁紮後，以機槍射殺，縱火燒斃，尚有氣息者，便以刺刀刺死。1937年12月，日軍在上新河，將從各處逃來的難民和散兵2873人，用機槍掃射，予以殺害。1937年12月，日軍在燕子磯江邊，集體屠殺待渡江逃難的難民和已解除武裝的士兵5萬余人。1937年12月，日軍在城外寶塔橋及魚雷營壹帶，屠殺被俘軍民3萬人以上。1937年12月，日軍將被俘軍民500余人在九甲七子江邊等處槍殺。1937年12月，難民5000余名，士兵2000余名，在中華門外附近鳳臺鄉、花神廟壹帶，被日軍屠殺。此外，還有10案是日軍在鼓樓四條巷難民所、五條巷、北圩、太平鄉、中華門外西街、石觀音、掃帚蒼、小心橋消災庵、通濟門外四方城龍華寺、武定門外正覺寺、南門外方家山長生寺等處，集體屠殺了近萬名的居民、僧人、尼姑等。上述28案，經南京軍事法庭反復查證，證據確鑿，有案可查，時間大部分發生在1937年12月15日至18日，其中15日、16日屠殺尤其頻繁。地點多發生在下關和沿江壹帶。手段壹般先用槍殺，然後毀屍滅跡。