秦漢之際,中都改為“良鄉”。漢初,今房山地區曾置良鄉(侯國)、西鄉(侯國)和廣陽縣,良鄉縣城在今竇店村西,即俗稱的“竇店土城”。依地理位置分析,今房山地區當屬良鄉縣。此後,歷三國、兩晉、南北朝至隋、唐,隸轄關系未變。
唐代,幽州良鄉縣轄12鄉。
五代時,劉仁恭占據大安山,屬地方割據。劉仁恭奉道士王若訥為師,並單劃出壹縣——玉河縣。據趙其昌《遼代玉河縣考》,玉河縣範圍從今天門頭溝三家店壹帶起,包括大安山、良鄉、房山,直到石窩。玉河縣廢止時間,在金天眷元年(1138年)。
金大定二十九年(1189年),為奉山陵,始析良鄉、範陽、宛平三縣邊地,置萬寧縣。
金明昌二年(1191年),改萬寧縣為奉先縣。
元至元二十七年(1290年),改奉先縣為房山縣。
1986年,撤銷房山縣、燕山區,設立房山區,以燕山區和房山縣的行政區域為房山區的行政區域。1997年11月17日,國務院批準將房山區人民政府駐地遷至良鄉。