傅佩榮，1986，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈斯賓諾莎與老子〉
傅佩榮，1987，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈論「中」──中國古代的壹個符號系統〉
傅佩榮，1988，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈擇善固執論──對古典儒家「人之道」的理解〉
傅佩榮，1989，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，“Communication between Confucianism and Christianity – A Philosophical Reflection”（儒家與基督宗教之會通）
傅佩榮，1990，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈天人合德論──對古典儒家人性論最高理想之詮釋〉
傅佩榮，1991，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈道家的邏輯與認識方法〉
傅佩榮，1992，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈人性向善論的理據與效應〉
傅佩榮，1993，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈比較四位哲學史家對孔子思想的詮釋〉
傅佩榮，1994，行政院國家科學委員會第壹期甲種獎，〈重新論詮釋孔子的「仁」〉 傅佩榮，1990，〈道家的邏輯與認識方法〉，行政院國家科會委員會專題研究計劃報告，計畫編號：NSC79-0301-H002-59。
傅佩榮，1995，「中國哲學史教材計劃（I）」，教育部顧問室人文社會科學教育改進計劃。
傅佩榮，1996，「中國哲學史教材計劃（II）」，教育部顧問室人文社會科學教育改進計劃。