協和藥物所就是中國醫學科學院、北京協和醫學院藥物研究所的簡稱。
目前從國內外引進人才***計34名，其中博士後 25人、博士4人、碩士5人，引進人才平均年齡約44歲。
藥物研究所以尋找和研究防治嚴重危害人民健康的主要疾病的藥物為方向，堅持以創制具有自主知識產權的新藥為重點，以中草藥和天然產物研究為基礎，采用現代醫藥學現代理論和高新技術開展多學科綜合性研究。新藥研究的主要方向為抗腫瘤藥物、防治心腦血管病藥物、作用於神經精神類疾病的藥物和抗老年退行性疾病藥物、抗肝炎藥物、抗炎免疫類藥物、抗糖尿病藥物等。
藥物研究所學科齊全，設藥物化學、天然產物化學、藥理學、藥物安全評價、藥物分析、天然產物生物合成、藥劑學等研究科室，具有很強的新藥研究和開發能力。特別是在天然產物研究、計算機輔助藥物分子設計、組合化學、分子藥理學、高通量篩選等領域有明顯特色。此外，藥物所還建有國家藥物及代謝產物分析研究中心、國家新藥開發工程技術研究中心、國家新藥篩選中心、科技部藥效學平臺、醫科院北京協和醫學院新藥安全評價中心、衛生部天然藥物生物合成重點實驗室、教育部中草藥物質基礎與資源利用重點實驗室，以及下屬的北京協和藥廠、北京協和制藥二廠、北京協和建昊醫藥技術開發有限責任公司、北京科萊博醫藥開發有限責任公司、北京聯馨藥業有限公司。全所已形成應用基礎研究—新藥開發研究—成果產業化三大環節的緊密結合。 建所五十年來，***獲科研成果獎247項，已研制上市新藥百余種，獲新藥證書124項，其中壹類新藥17項。1986年國家設立基金制以來，***承擔各類科研課題785項，發表論文5678余篇，編寫著作276本，已在國內外申請專利456項。
藥物所是我國培養高級藥學人才的重要基地，其中藥學學科為國家教育部認定的全國高校醫學重點學科，並有4個博士學位授權點和5個碩士學位授權點，還設有藥學博士後流動站。藥物所擁有壹支由高級科研人員組成的教師隊伍，五十年來，獲國家批準的博士生導師有46名、碩士生導師144名，承擔了北京協和醫學院的研究生教學任務，面向院校研究生開設了藥物化學、藥理學等方面的課程21門，目前年在所研究生300余人，已培養畢業博士生371名、碩士生444名。
近年來在面向市場經濟，加快科研成果轉化，提高產業效益的過程中，藥物研究所所屬及控股藥廠產值逐年增加。主要產品有：人工麝香、紫素（紫杉醇註射液）、靈孢多糖註射液、百賽諾、聯苯雙酯、高三尖杉酯堿、酞丁安等，其中壹些藥物遠銷國際市場。
藥物所與國內及日本、美國、德國、法國等30多個國家和地區的制藥公司、大學、科研機構進行了廣泛的科技合作和學術交流，建立了密切的協作關系。
藥物所還負責編輯出版《藥學學報》、《Chinese Chemical Letters》（中國化學快報）及《Journal of Asian Natural Products Research》（亞洲天然產物研究）三種學術期刊。
2008年是藥物所建所五十周年，五十年來幾代藥物所人本著“獻身、創新、求實、協作”的精神，努力工作，碩果累累。我們相信在未來的日子裏，在上級領導的大力支持下，在老壹輩科學家的榜樣作用下，在全所職工的***同努力和團結協作下，在改革開放的大好形勢下，藥物所的前途將更加美好，將為國家的藥學事業做出更大的貢獻！ 王曉良研究員：中國醫學科學院藥物研究所所長
劉煜研究：中國醫學科學院藥物研究所黨委書記
杜冠華研究員：中國醫學科學院藥物研究所副所長
吳松研究員：中國醫學科學院藥物研究所副所長 國家級獎勵
食管癌高發現場的綜合防治研究 1995 年國家科委全國十大科技成就
興奮劑檢測方法的研究與實施 1992年國家科技進步壹等獎
常用中藥材品種整理和質量研究 1992年國家科技進步壹等獎 1996年國家八五科技攻關重大科技成果獎
海南粗榧抗癌有效成分的研究 1985年國家科技進步壹等獎
中草藥有效成分的 X- 衍射晶體結構研究 1992年國家科技進步二等獎
治療腦血管新藥--尼莫地平的研制 1991年國家科技進步二等獎
新藥氫溴酸莨菪堿 1982年國家發明二等獎
天麻有性繁殖--樹葉菌床法 1980年國家發明二等獎
抗病毒 合成藥--酞丁安 1988年國家發明二等獎
抗腫瘤新藥紫杉醇的研究與開發 1997 年國家科技進步三等獎
葛根素註射液的研究 1996年國家科技進步三等獎
新抗腫瘤藥--甲異靛 1995年國家發明三等獎 金水寶的研究 1990年
國家科技進步三等獎 抗瘧新藥--青蒿琥酯 1989年國家發明三等獎
變質甘蔗中病毒因的研究 1988年國家科技進步三等獎
新藥維胺酯的研制及其在皮膚科上的應用 1987年國家科技進步三等獎
LEZ-1離心薄層層析儀 1985年國家科技進步三等獎
抗變態反應新藥--色羥丙鈉 1985年國家科技進步三等獎
栽培黃連的玉米和造林遮蔭技術 1984年國家發明三等獎
新藥金蕎麥 1984年國家發明三等獎
驅絳蟲新藥--鶴草酚及鶴草芽制劑 1982年國家發明三等獎
膽堿能神經阻滯新藥--樟柳堿 1983年國家發明三等獎
治療慢性肝炎新藥聯苯雙酯 1983年國家發明三等獎
治療慢性粒細胞白血病新藥--靛玉紅 1981年國家發明三等獎
治療急性膽道感染新藥--假密環菌甲素 1987年國家發明四等獎
部委級獎勵
衛生部科技進步壹等獎 5項
衛生部科技進步二等獎 11項
衛生部科技進步二等甲級獎3項
衛生部科技進步三等獎16項
衛生部科技進步甲級獎4項
衛生部科技進步乙級獎7項
國家醫藥管理局科技進步獎 2項
國家中醫藥管理局科技進步獎 5項
國家教委科技進步獎2項
國家計生委科技進步獎1項
國家體委體育科技進步特等獎1項
中華醫學科技獎2項