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TCGA+biomarker——Nomogram列線圖

列線圖(Alignment Diagram),又稱諾莫圖(Nomogram圖),它是建立在多因素回歸分析的基礎上,將多個預測指標進行整合,然後采用帶有刻度的線段,按照壹定的比例繪制在同壹平面上,從而用以表達預測模型中各個變量之間的相互關系。它的基本原理,簡單的說,就是通過構建多因素回歸模型(常用的回歸模型,例如Cox回歸、Logistic回歸等),根據模型中各個影響因素對結局變量的貢獻程度(回歸系數的大小),給每個影響因素的每個取值水平進行賦分,然後再將各個評分相加得到總評分,最後通過總評分與結局事件發生概率之間的函數轉換關系,從而計算出該個體結局事件的預測值。列線圖將復雜的回歸方程,轉變為了可視化的圖形,使預測模型的結果更具有可讀性,方便對患者進行評估。正是由於列線圖這種直觀便於理解的特點,使它在醫學研究和臨床實踐中也逐漸得到了越來越多的關註和應用。

解釋: 假設有壹個患者,治療方式是Resection,腫瘤大小是3-5,復發部位是Intrahepatic,多處復發是No,復發時間是1-2,復發時AFP是>200,復發時albumin-bilirutinl grade是II, III,抗病毒治療是Yes。在圖上找到各個點,對應上方Point的值,將所有的值相加(本處只是講解大概的值,具體數值應該在模型中計算:Total Points=0+42+20+0+4+31+22+0=119)。在Total中我們可以看到,119對應的2年和5年的生存率分別約為0.80和0.68(本處是大致值,由於沒有具體模型參數,無法給出精確值)。這就進壹步說明Nomogram圖的內容,本質就是對模型各個參數的壹個直觀展示。

結果如下:這類結果過於簡陋!

regplot包中的regplot()函數可繪制較為美觀的nomogram。但是,它目前只接收coxph()、lm()和glm()函數返回的回歸對象。

如下圖,regplot繪圖更加美觀,可以比較靈活的定義細節。

可任意標記想突出的患者在列線圖上的分值分布,及事件發生風險概率!

網絡參考

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