現任院長是蔡之華教授。
前任院長康立山教授是我國並行計算領域中最具影響力的專家，曾擔任過武漢大學軟件工程研究所所長和軟件工程國家重點實驗室主任。他是武漢大學計算機學院教授、計算機軟件理論博士生導師、中國計算機學會理論計算機科學分會副主任、武漢大學軟件工程國家重點實驗室學術委員會副主任、國防科工委軍用***性軟件組成員、國家高性能計算中心（武漢）學術委員會等國家重點研究單位的學術領導職務。他主持承擔了國家自然科學基金項目15項（其中二項為重點項目），國家壹般基金項目24項。獲國家自然科學四等獎1項，國家教育部壹等獎3項，湖北省二等獎2項，國家科委八六三計劃先進工作者二等獎壹次，其他獎項若幹。他本人還擔任了包括Parallel Algorithms and Applications(英國)在內的9種國際國內著名計算機領域雜誌的編委。他先後18次參加和主持重要的國際學術會議，並多次做特邀報告，出版有影響的專著7部、發表科技論文200多篇，其中40多篇論文被SCI、EI檢索。在人才培養方面，先後***培養博士生44人（其中畢業生35名），碩士生50人（已畢業37人）。他指導的博士生潘正君教授在演化計算方面的最新研究成果發表在《Science》雜誌上。