基本概況
中國市長協會的最高權利機構為會員代表大會，理事會為執行機構，其日常工作由秘書處負責。秘書處下設辦公室、國際部、國內部、研究部、信息部、編輯部、女市長分會秘書處和廣州聯絡處，以及若幹工作機構。
市長代表大會是協會的最高權力機構，協會名譽會長、會長、執行會長、副會長、秘書長、副秘書長由大會選舉產生。市長代表大會五年壹屆，已於1991年、1996年、2001年和2006年召開四屆。
中國市長協會會長聯席會為協會重要的年度議事會議，由會長、副會長參加。
中國市長協會的常設辦事機構為秘書處，設秘書長壹名、副秘書長若幹名。秘書處下設職能部門包括：辦公室、會刊編輯部、研究部、培訓部、聯絡部、女市長分會秘書處、城市咨詢委員會、國際部、信息部，為加強聯絡和培訓工作,協調管理廣州中國市長大廈，協會還設立了廣州、上海長江經濟帶企業聯合會聯絡處。
女市長分會
中國市長協會女市長分會前身為全國女市長聯誼會，成立於1991年3月。1991年8月中國市長協會成立後，根據中央主管部門的意見，全國女市長聯誼會歸口、隸屬於中國市長協會，改稱女市長分會，執行中國市長協會章程。其宗旨為“為城市發展服務，為女市長工作服務”。女市長分會的會員由全國設市城市的正、副女市長，直轄市的正、副女區長組成。分會的最高權力機構為會員代表大會，下設理事會。分會設會長壹名、執行會長壹名、副會長若幹名。