1992年，出任中央歌劇院常任指揮，創辦首屆北京新年音樂會，並連續三年擔任指揮。
1993年起，連續五年為香港市政局制作歌劇演出。
1998年，發起創辦北京國際音樂節，並擔任藝術總監。與大提琴家朱利安·勞埃德·韋伯合作進行世界首演當代作曲大師菲力普·格拉斯的大提琴協奏曲。
2000年，參與創建中國愛樂樂團，並擔任藝術總監和首席指揮，指揮樂團演出了許多大型作品，包括威爾第的《安魂曲》、伯遼茲的《浮士德的沈淪》、馬勒的《大地之歌》、奧爾夫的《博伊倫之歌》和貝多芬第九交響曲等，其中有些作品系首次在中國演出。
2001年9月，率中國愛樂樂團在臺灣地區舉行巡回演出。
2002年6月，率中國愛樂樂團參加在波多黎各舉行的卡薩爾斯音樂節，隨後在美國聖何塞、洛杉磯等地舉行了美國西海岸巡演。同年9月，再次率中國愛樂樂團赴海外巡演，在日本東京、神戶、大阪和韓國首爾演出。尤其是在東京三得利音樂廳的演出，贏得了包括日本皇室成員在內的兩千余名聽眾的熱烈喝彩。
2002年10月，在第五屆北京國際音樂節開幕式音樂會上，指揮包括中國愛樂樂團在內的近千名中外音樂家演出了馬勒的第八《千人》交響曲，完成了這部宏偉巨作的歷史性中國首演。
2003年，與東京愛樂樂團合作並率該團在中國巡演。同年5月起，兼任廣州交響樂團音樂總監。9月，率領中國愛樂樂團赴歐洲巡演，在巴黎國家歌劇院、華沙國家大劇院和維也納音樂之友協會大廳演出。11月至12月間，與大提琴家米沙·麥斯基和廣州交響樂團壹起進行大規模巡演，在巴黎香榭麗舍劇院、盧森堡音樂學院音樂廳、荷蘭阿姆斯特丹皇家音樂廳、開羅歌劇院和開羅亞歷山大音樂廳演出。
2005年2月至4月，率中國愛樂樂團進行環球世界巡演，歷時四十多天，跨越北美和歐洲。
2008年5月7日，指揮中國愛樂樂團和上海歌劇院合唱團在梵蒂岡城保羅六世禮堂為教宗本篤十六世及八千余名聽眾演出了莫紮特的《安魂曲》。英國《衛報》稱此次意義非凡的演出為“中梵借音樂外交‘破冰’”。
2009年11月，率領上海交響樂團在紐約、洛杉磯、多倫多、聖地亞哥等北美12座城市進行巡演。《紐約時報》刊載專文介紹余隆的藝術成就，將余隆譽為“中國的赫伯特·馮·卡拉揚”。
2010年3月，率上海交響樂團赴波蘭參加第十四屆貝多芬音樂節，並在華沙和羅茲兩座城市演出。
（以上信息來源 ）
2010年7月13日晚，指揮紐約愛樂樂團與上海交響樂團，在美國紐約中央公園為六萬名觀眾演出露天音樂會，這次合作是紐約愛樂樂團第壹次與外國交響樂團聯袂在“夏季公園交響音樂會”上演出。
2014年7月，帶領中國愛樂樂團應邀參加第120屆英國逍遙音樂節，並於19日晚作為本屆音樂節首個亮相的外國交響樂團進行演出。