中心主要開展：疾病預防控制、突發公***衛生事件應急、環境與職業健康、營養健康、老齡健康、婦幼健康、放射衛生和學校衛生等工作；組織制定國家公***衛生技術方案和指南，承擔公***衛生相關衛生標準綜合管理工作；開展傳染病、慢性病、職業病、地方病、突發公***衛生事件和疑似預防接種異常反應監測及國民健康狀況監測與評價；參與國家公***衛生應急準備和應對，組織制定食品安全事故流行病學調查和衛生處理相關技術規範；開展疾病預防控制、突發公***衛生事件應急、公眾健康關鍵科學研究和技術開發；開展公***衛生專業領域的研究生教育、繼續教育和相關專業技術培訓等工作。
人員編制
根據2020年7月官網顯示，中國疾病預防控制中心有院士5人，其中中國科學院院士2人、中國工程院院士3人，此外還有壹批國家傑出青年基金獲得者，國家973項目首席科學家，中國科學院“百人計劃”入選者等專家。
中國科學院院士（2人，專職）：曾毅、高福
中國工程院院士（3人，專職）：侯雲德、洪濤、徐建國
國家自然科學基金傑出青年基金獲得者（名單不全）：徐建國、高福
國務院享受政府特殊津貼專家（名單不全）：洪濤、王大燕、王華慶、張永振、周脈耕、趙文華
國家有突出貢獻的中青年科學家（名單不全）：曾毅、侯雲德、洪濤
中國科學院“百人計劃”入選者（名單不全）：高福
科研部門
根據2020年7月官網顯示，中國疾病預防控制中心有下屬科研部門11個，有國家重點實驗室1個，國家衛生計生委重點實驗室3個，中心重點實驗室3個。
世界衛生組織參比實驗室（5個）：WHO流感參比和研究合作中心、WHO西太區麻疹風疹參比實驗室、WHO西太區脊灰參比實驗室、WHO西太區乙腦參比實驗室、WHO西太區輪狀病毒參比實驗室
國家研究中心（2個）：國家朊病毒檢測中心、中國微生物菌毒種/醫學病毒保藏管理中心
國家級重點實驗室（1個）：傳染病預防控制國家重點實驗室
省、部級工程研究中心（1個）：衛生部微生物基因組研究中心
省、部級重點實驗室（3個）：衛生部微量元素與營養重點實驗室、衛生部寄生蟲病原與媒介生物學重點實驗室、衛生部醫學病毒和病毒病重點實驗室
中心級重點實驗室（3個）：中國疾病預防控制中心化學汙染物與健康安全重點實驗室、中國疾病預防控制中心輻射防護與核應急重點實驗室、中國疾病預防控制中心傳染病監測預警重點實驗室
下屬科研部門（11個）：傳染病預防控制所、病毒病預防控制所、寄生蟲病預防控制所、性病艾滋病預防控制中心、慢性非傳染性疾病預防控制中心、營養與健康所、環境與健康相關產品安全所、職業衛生與中毒控制所、輻射防護與核安全醫學所、農村改水技術指導中心、婦幼保健中心
科研成就
根據2020年7月官網顯示，中國疾病預防控制中心***發表論文14892篇，其中中文11502篇，英文文章3390篇，年度發表數量增長25余倍。中心累計獲得省部級以上科技獎勵176項，其中國家科技進步特等獎1項，壹等獎1項，二等獎2項；省部級壹等獎15項。承擔了科技部（"973"項目、"863"計劃、科技攻關、科技支撐、重大專項等）、國家自然科學基金、國家衛生健康委、教育部等有關部委及地方科委等部門眾多科研項目，每年執行國際合作項目100余項。
法律依據：《中華人民***和國傳染病防治法》第三十條“疾病預防控制機構、醫療機構和采供血機構及其執行職務的人員發現本法規定的傳染病疫情或者發現其他傳染病暴發、流行以及突發原因不明的傳染病時，應當遵循疫情報告屬地管理原則，按照國務院規定的或者國務院衛生行政部門規定的內容、程序、方式和時限報告。軍隊醫療機構向社會公眾提供醫療服務，發現前款規定的傳染病疫情時，應當按照國務院衛生行政部門的規定報告。