未委托專利代理機構的紙件申請，電子申請註冊用戶應當使用電子申請客戶端提交紙件申請轉電子申請請求書，已委托專利代理機構的紙件申請，代理機構應當使用電子申請客戶端提交紙件申請轉電子申請請求書，或使用電子申請網站提交紙件申請轉電子申請表格。
1.辦理電子申請用戶註冊手續
首先，辦理註冊的方式為當面註冊、郵寄註冊和網上註冊3種方式。其中，當面註冊包括專利局受理大廳註冊和代辦處註冊。其次，用戶註冊應具備的材料包括：電子申請用戶註冊請求書、電子申請用戶註冊協議和相關證明文件（例如加蓋公章的代理機構註冊證的復印件等）。
2.制作電子申請文件前的準備
首先，下載、安裝客戶端系統。下載並安裝完成後，還需根據具體環境進行網絡設置。其次，下載用戶數字證書。
3.制作電子申請文件
首先，用戶應了解並學會使用電子申請客戶端系統的功能，即電子申請文件制作（客戶端編輯器）、案卷管理、通知書管理、數字證書管理、系統設置等功能。其次，使用客戶端編輯器，選擇表格模版進行編輯，步驟為首先選擇表格模版，然後填寫或修改文件內容，最後保存。第三，對於普通的發明專利申請和實用新型專利申請，可以使用客戶端編輯器導入部分WORD、PDF格式的文件。
4.提交前檢查文件
保存文件後，用戶可以使用編輯器重新打開文件進行檢查，以確保文件內容完整、準確，圖片顯示正常。
5.使用數字證書簽名
用戶在客戶端首界面的簽名項中，選擇簽名證書並點擊簽名，則成功完成簽名操作，文件進入待發送目錄。
6.提交文件並接收回執
用戶在待發送目錄下選擇要提交的文件，在客戶端首界面上選擇發送，並點擊開始上傳，則文件提交成功並進入已發送目錄。文件提交成功後，用戶可以接收並查看回執，回執的內容主要包括接收案件編號、發明創造名稱、提交人姓名或名稱、國家知識產權局收到時間、國家知識產權局收到文件情況等。
7.接收電子申請通知書
用戶在客戶端首界面上點擊接收，選擇簽名證書並點擊獲取列表，選擇要下載的通知書後，點擊開始下載，即可查看該通知書。
8.提交證明文件
根據專利法及其實施細則、專利審查指南規定的應當以原件形式提交的相關文件，申請人可以只提交原件的電子掃描文件；確因條件限制無法提交電子掃描文件的，可以提交原件。對前壹情形，必要時審查員可以要求申請人在指定期限內提交原件。
9.登陸網站查詢相關信息
首先，可進行提交案件情況查詢，包括基本信息、案件提交信息、通知書信息等。其次，可進行電子發文查詢，包括申請號、發明創造名稱、通知書名稱等。