早在1995年，丹陽站就有特快列車34次（上海~天津）停靠。1998年，丹陽站圖定辦客列車數就已經達到65趟之多。原因很簡單，丹陽壹直有車務段存在，丹陽車務段直屬於當時的上海鐵路局南京分局，在地位上相當於壹等站。進入21世紀以後，丹陽站則在緩慢上升，02~03年之間，圖定辦客列車數達到頂峰，多達74趟。但是自從2003年12月24日丹陽車務段撤銷，丹陽站劃歸鎮江站管理，丹陽就開始遍嘗提速的苦果，近十年的時間、沒有任何特快列車停靠、甚至城際快速列車也都跨越丹陽，圖定辦客列車數則壹直在60幾趟左右徘徊。這這給人們留下了壹個很壞的印象——認為丹陽站是小站。這種影響壹直持續到現在，今天當特快列車和動車組列車停靠丹陽時，壹直到2006年3月18日，根據上海鐵路局、局黨委聯合發文《關於調整運輸生產力布局的通知》（上鐵勞衛發〔2006〕64號），“將鎮江直屬站與常州直屬站合並，稱常州直屬站。”丹陽站才劃歸常州直屬站管轄。
同年6月，常州直屬站重新設置車間管理部門，丹陽站仍然下轄呂城、陵口、三山三個中間站，轄境全長44公裏。從此，丹陽站與鎮江站只有等級上的不同，而沒有地位的高低。2007年、六提之前、山雨欲來風滿樓，正當滬寧線各車站大行高站臺改造之時，丹陽站始終沒有動靜。但是元月15日，城際特快列車紫金號——T740/T739（南京西~寧波）雙向增停丹陽，再次振奮了無數的車迷，雖然只停靠了短短三個月的時間，但這完全是丹陽站騰飛的先兆！後來丹陽市政府為丹陽站高站臺、候車室、售票廳建設改造***投資1060萬元。終於使丹陽站成為六提當天（4月18日）停靠動車組的少數縣級站之壹。這壹點，揚子報亦不得否認，將丹陽昆山並列作了宣傳。
1907~2007 丹陽火車站已經100歲了!
年修成印行的《丹陽縣續誌》是清光緒《丹陽縣誌》的續編。它沿襲前誌，記載了從1885~1911年間我縣的自然社會、人文經濟等各方面情況。其中新增之卷二十三“地方自治·交通”篇目下，“鐵路”條記載：“境內滬寧鐵路，於光緒三十三年（1907）九月通車。…總車站在縣北城外二裏陳家橋。…”其寥寥數十言，史家筆法，不加評點，卻分明向我們昭示了壹個新生事物的勃興！
限於文字記載的不足，我們無法得知當時丹陽百姓對鐵路的看法。但仍然是《丹陽縣續誌》，緊承“鐵路”條後又有“實業”記載。其雲：“光緒三十三年，邑人董繼昌等招集股本洋三千元，購置北門外至火車站田地，開辦馬路，專營挑駁貨物、輸送行旅兩事。”這就是我縣最早的阜陽實業有限公司，而這條阜陽路也成了我縣第壹條馬路。可見，新生的滬寧鐵路、新興的火車運輸並沒有像早年那樣被視為異物，更沒有遭到百姓的抵制，它反而帶動了實業經濟的振興，促進了城市的發展！
丹陽站民國前期為辦理客貨運業務的二等中間站。民國2年（1913），丹陽站每天停車3對：滬寧慢客1對、快客1對、寧常區間車1對。到民國17年（1928），丹陽站每天停車6對。抗戰前又增加到9對，其中飛快車壹對。那時從丹陽到上海，快客要5小時零6分、慢客需要7小時零3分；丹陽至南京，快客2小時19分、慢客2小時59分。饒是如此，丹陽站客貨運輸十分興盛。《鎮江交通史》統計：通車第壹年（1908），鎮江境內所有車站客運量達405704人次、貨運達62098擔。壹年後這個數字就增加到638893人次和205534擔。而三十年代，我縣每年由鐵路運往蘇州上海無錫的糯米、小麥、牛，年均價分別達16500元、7500元和45000元，而上海蘇州生產的棉布（每年500件）、火柴（每年450箱）也源源不斷地運來我縣客貨運輸的繁盛又反過來促進丹陽鐵路的發展。1924年，丹陽站上行月臺、新豐站下行月臺分別新建雨棚壹座。1930年12月，丹陽站又擴建貨棧壹座，面積650平方米、可容貨440噸。可以說，丹陽鐵路日新月異地不斷壯大，既改變了我縣的面貌、便利了市民的生活，也促使丹陽成為了滬寧線上響當當的“小無錫”！ 1945年，抗日戰爭勝利，日本投降，國民政府交通部華中鐵路管理委員會全面接收京滬線。1946年3月1日，原華中鐵路管理委員會改組為“京滬區鐵路管理局”，開始實行分區管理。據“1947年京滬線鎮江區域各車站設施情況表”登記，丹陽站重新被評為2等站，有站臺6座、股道4條、並有風雨棚、號誌、給水設備等設施。呂城陵口二站均為四等站。當時，丹陽站的運輸業十分興旺：城內吳聚源、吳義昌、林萬泰、馬泰源等糧行充分利用鐵路，夏運火麥（小麥）、秋運糙籽（粗加工後的糙米）。1947年，丹陽站客貨車日通過量達到43列，丹陽縣境各站民國三十六年（1947）1~10月旅客發送人數為634117.5人，貨物發送量為15011噸。其中1946年僅12月份，丹陽站客運人數就達47035人，貨運噸數1214噸。但1948年後，隨著國統區經濟危機以及軍事運輸的繁重，京滬鐵路又陷入了混亂。
1949年4月23日丹陽解放，京滬鐵路又獲得了新生。渡江戰役的勝利極大地鼓舞了廣大鐵路工人，他們積極響應黨中央“解放軍打到哪裏、鐵路就修到哪裏”的號召，以又好又快的速度搶修線路和車站，為解放大上海和進軍南中國做出了積極貢獻。4月27日，寧鎮間恢復通車，5月16日起南京至蘇州間也恢復了通車。當時的數以千計的接管幹部就是通過火車，不遠萬裏匯聚丹陽，為解放大上海提前做好了準備。5月26日，隨著上海解放，滬寧鐵路全線恢復通車。
建國後，鐵路發展步入了正軌，開始了翻天覆地的變化。首先是1958年，京杭運河丹陽段裁灣取直，鐵路線隨河東移，丹陽站便遷到了運河以東、貢潘村東北側。新站上距新豐5.98公裏，下距陵口8.85公裏。1959年5月1日舉行了盛大的試通車典禮，9月13日正式啟用。新站包括候車室247平方米、客運線7股道、站臺3座。當時丹陽站為中心站，管區涉及丹陽站、陵口站、呂城站以及青陽線路所（今大泊），全長30公裏。1958年底，滬寧鐵路又倉促上馬復線工程，由於勞力不足、計劃緊縮而進展緩慢。後來又遭遇“文化大革命”，鐵路事業近於停滯。到了1974年，鐵路運輸趨於飽和，越來越不適應經濟發展的需求。1977年1月，遲來的滬寧鐵路復線工程終於全線竣工通車，丹陽站又迎來了它的又壹個輝煌！1978年，丹陽中心站上升為丹陽車務段，管轄範圍西起南京棲霞山、東到常州新閘鎮，包括15個站所，線路長、管理相當繁重。當時又因為鎮江港站堵塞嚴重，壹部分原在鎮江中轉的蘇北進出口物資改由丹陽站中轉。僅1980年，丹陽鐵路中轉蘇北28縣市的物資就達2414車，11萬多噸。丹陽站中轉業務的持續發展，使丹陽成為了滬寧線上又壹個公鐵、水鐵中轉樞紐！1983年，丹陽站新建旅客通行地道，長42.8米、溝通了三個站臺，極大得便利了進出站的旅客。1989年1月20日，丹陽站在原站房北側新建站房落成啟用，並於1987年上升為二等站，成了滬寧線上傳統意義的大站。 進入新世紀的滬寧鐵路多少有點力不從心，它的運能似乎發揮到了極致。為了更好的適應經濟的飛速發展，鐵路進入了漫長的提速期。從無逢鋼軌的架設，從平交道口到立交道口，從全封閉到電氣化改造，滬寧鐵路逐步脫胎換骨，迎來了六次大提速的輝煌業績！1997年4月1日零時，鐵路實行第壹次大面積提速，列車運行最高速度達到140公裏，旅行速度達到90公裏，鐵路第壹次開始與高速公路向追逐。1998年10月1日，鐵路又進行了第二次大提速，快速列車和夕發朝至列車的開行，讓人們第壹次感受到了提速的便利。其後2000年10月21日和2001年10月21日的兩次大提速，全面形成了中國鐵路提速網絡，平均時速和提速裏程都攀上了高峰。2004年4月18日，鐵路第五次提速，壹站直達的高速列車、國內最先進的龐巴迪和25T型客車又讓人們感受到了航空的待遇。
伴隨著提速的到來，也帶來了列車的跨越！丹陽站壹方面切實感受到了快速列車的高速，同時也面臨了跨越的壓力。眾所周知，丹陽僅是壹個縣級市，自昆山站壹步登天升格為壹等站以後，丹陽站成了滬寧線上碩果僅存的二等站。列車停靠受到限制，旅客流量也很難提高。丹陽站第壹次嘗到了提速的別樣滋味。據統計，丹陽站最輝煌的時候，日辦理客運列車100余趟（含春運臨客）。後來隨著提速，到第五次提速後，下降至65趟。許多高速列車呼嘯而過，大量城際特快卻不停靠，這讓丹陽旅客的出行帶來了極大不便
2003年，上海鐵路局決定撤消鐵路丹陽車務段，包括丹陽在內的七個車站劃歸鎮江直屬站。2006年3月，上海鐵路局又進行了大規模的站段調整，鎮江、常州二站合並為常州直屬站，丹陽站又劃歸常州直屬站管理。機構的頻繁調整，管理體制的重大變革無不預示著“六提”的水到渠成。丹陽站又壹次站在了風口浪尖上，迎接更大的挑戰。
為了使丹陽站能夠滿足社會經濟發展的需要，為了讓更多市民能夠搭乘新型的“和諧號”動車組，也為了保持百年老站不被跨越衰敗，丹陽站積極爭取、市政府高度重視，終於和路局達成壹致協議，使丹陽站搭上了六提高站臺改造的末班車。據報道，此次改造***投入資金800余萬元，使1號上行站臺、5號下行站臺加高至1.25米，讓旅客上下動車組如屢平地。同時，丹陽站還更新了電子顯示屏、音響系統，為2007年4.18鐵路大提速作好了準備。由於地方的重視，由於自身的努力，丹陽站終於成了六提停靠動車組的少數縣級站之壹。2007年4月18日8∶37分，剛剛靠站約兩分鐘的D407次列車滿載著丹陽40多名乘客又啟動了，當它風馳電掣般消失在下行方向（上海）時，人們臉上都露出滿足的笑容。六提後，丹陽站又乘勢而上，對外立面、候車室、售票廳進行了改造出新。改造後的丹陽站煥然壹新，二樓專辟為動車組候車室，給旅客候車提供了優質服務。這次六提，盡管丹陽站圖定辦客列車從32.5對下降至20.5對，但是七趟動車的停靠宣告了壹個新時代的到來——百年丹陽站真正迎來了高速時代，百年丹陽站又煥發了青春，將走向新的輝煌！
2010年7月1日，隨著滬寧城際高鐵的通車，坐落於老站房南側的新站房同時啟用。 乘坐1路或6路在火車站（南廣場）站下車。