2003年，閩江流域水質達到或超過ⅲ類的比例為85.5%，比2002年下降了8個百分點。2004年，水質達到或優於ⅲ類的比例為83%(水環境功能達標率為84.3%，下同)，比2003年下降了2.5個百分點。其中幹流沙溪、富屯溪、澗西、南屏斷面和撫州斷面的ⅲ類水質達標率分別為665，438±0.5%(665，438±0.5%)、865，438±0.3%(965，438±0.7%)、96.4%(96.4%)和96.4%。岷江流域近10年ⅰ-ⅲ類水質比例變化見圖1，2004年各類水質比例見圖2。
流域內的主要環境問題如下:
1.農業面源汙染突出，畜禽養殖成為主要汙染源。
畜禽養殖業的快速發展造成部分河段汙染嚴重，已成為流域的主要汙染源。據統計，2003年閩江流域畜禽養殖COD(化學需氧量)排放量占工業、生活及畜禽廢水COD排放總量的62.5%，氨氮占63.0%。
壹些河段的過密網箱養殖也汙染了水體。據統計，2003年福州、三明、南平內陸水產養殖產量達231，1，000噸，養殖面積達38800公頃。水產養殖的代謝產物、殘留餌料、池塘清洗消毒的農藥、防治水生生物病害的藥物等汙染物進入水體，使部分河段水質下降。
大量的化肥和農藥造成了面源汙染。據統計，2003年福州、三明、南平* * *施用氮肥164900噸，磷肥56700噸，使用農藥21300噸，其中約20%的氮肥和10%的磷肥流失。
2.環保基礎設施建設滯後，生活汙染依然嚴重。
生活汙染負荷已經超過工業汙染負荷。2003年，全流域城鎮生活汙水排放量為2.77億噸，與工業汙水排放量之比由2000年的0.86: 1提高到1: 1，COD和氨氮排放量與工業排放量之比分別達到2.5: 1和3.4: 68。
生活汙水處理能力不足。福州、三明、南平等地雖已建成10汙水處理廠，設計處理能力為54.5萬噸/日，但實際處理能力僅為35.5萬噸/日，汙水處理率僅為35.9%，汙水處理廠未能穩定達標排放，造成二次汙染。
生活垃圾無害化處理率低。垃圾未經處理隨意傾倒、堆放的現象依然普遍。已建成的城市垃圾處理廠滲濾液超標。鄉鎮垃圾無害化處理試點沒有達到預期效果。
3.工業結構性汙染沒有得到根本解決，部分企業出現反彈。
不合理的產業結構和布局是造成流域局部河段水環境惡化的重要因素。沙溪河段是閩江流域工業最集中的區域，沿途汙染源密集，接收大量畜禽養殖、生活及工業廢水，成為流域內汙染最嚴重的河段。
工業發展增加了汙染物的排放總量。閩江流域是我省相對集中且發展迅速的地區。2003年，流域內工業企業排放的化學需氧量和氨氮分別占總排放量的48.2%和49.8%。由於流域產業結構調整總體進度滯後於水汙染防治需要，結構性汙染問題沒有得到根本解決，有的地方還有加重趨勢。
壹些企業出現了汙染反彈。由於工藝裝備落後、技術水平低，部分企業汙染治理設施未能正常穩定運行，汙染物無法穩定排放。雖然連續四年開展嚴查環境違法行為專項行動，嚴厲查處了壹批違法排汙企業，但部分企業仍存在擅自停止處理設施、暗裝暗管、偷排漏排等違法現象。突發性汙染事故時有發生，危及流域水環境安全。
4.不合理的梯級開發改變了流域的自然屬性，對生態環境的影響日益突出。
據統計，岷江流域有大中型水電站29座，還有大量無序開發的小水電站。過度、不合理的水電開發，把天然急流變成了人工平湖，減緩了河水流動，降低了自凈能力，沈積了汙染物，惡化了水質，加劇了庫區富營養化，滋生了大量水葫蘆。大多數水電站不能按要求保證必要的最小下泄流量，下遊生態環境用水得不到保障，破壞了正常的水生生態系統。
2003年以來，由於歷史上罕見的持續幹旱少雨，流域降雨量較常年減少40%左右，客觀上造成閩江流域水量明顯減少，水質凈化能力下降。由於流域和各級電站缺乏對水資源的統壹調配和管理，各級電站長期攔蓄河水，加劇了河水的不合理時程分配，甚至個別電站大壩下河段長期斷流，進壹步惡化了河流水質。
5.壹些地區的生態破壞造成了水土流失和河流淤積。
森林覆蓋率雖高，但森林結構不盡合理，生態功能受到制約。降水在時間和空間上分布不均，容易發生幹旱、洪水、水土流失和地質災害。礦產開發、基本建設和工程建設造成了不同程度的植被破壞和水土流失。壹些地方管理薄弱，生活垃圾、建築垃圾隨意傾倒，造成河道淤積，汙染水環境。
“綠惡魔”危及河流。
說到水葫蘆，人們並不陌生。這種常年漂浮的草本植物，生長在江河湖泊等水流緩慢的水域，原產於南美洲。20世紀60年代，中國將其作為豬飼料引入。隨著飼料工業的發展和養豬方式的改變，水葫蘆逐漸失去了利用價值，不被收獲。導致水葫蘆在我國南方很多地方蔓延，成為破壞生態環境的重大災害，被列為世界十大有害雜草之壹。