PaxtonFettel帶領克隆超級士兵造反，占領了ArmachamTechnologyCorporation（ATC）的總部，主角作為FEAR的新成員，與隊友，以及三角洲部隊合作，追捕PaxtonFettel。通過追捕過程中得到的各種信息，主角得知PaxtonFettel是Alma的第二個兒子，擁有強大的精神力量，是Origine計劃的壹部分，而他要前往Origin計劃的廢棄實驗基地解救Alma。最後當主角抓住PaxtonFettel時，PaxtonFettel。告訴主角他是Alma的第壹個兒子、。主角最後殺了PaxtonFettel。但是HarlanWade，Origin計劃的領導者，也是Alma的父親，對Alma受到的種種折磨感到內疚，而釋放了Alma。主角不得不毀壞設施內的反應堆，炸毀整個實驗基地，以消滅Alma。當主角被三角洲部隊的直升飛機救走時，Alma也出現在飛機上。在最後制作人名單播放時，有壹段GenevieveAristide（二代中主角要抓捕的ATC總裁）和壹位議員的電話，電話中GenevieveAristide表示Origin計劃還在控制中，原型體（主角）是壹個成功。
從這裏看似乎主角是故意被安插在fear組織，PaxtonFette的叛亂正好為PaxtonFettel提供了檢測主角的能力，只是二代中完全被沒有提到他，
2代
故事發生在壹代大爆炸前30分鐘，壹代主角在追捕PaxtonFettel過程找到的各類證據，都證明ATC總裁GenevieveAristide有罪。二代主角Becket是三角洲部隊的成員，他和隊友前往GenevieveAristide的住所，逮捕她。但是GenevieveAristide的住所，正被ATC董事會雇傭的傭兵攻擊。當主角找到GenevieveAristide時，她對主角說起Harbinger計劃，並稱主角和他的隊友是對付Alma的唯壹希望。當她要詳細解釋時，壹代主角引爆了反應堆，產生了巨大的爆炸，而主角則被震暈。
主角蘇醒時，發現GenevieveAristide指揮的幾個醫生正對他進行手術。當他完全醒來後，他發現他在壹個地下醫院，而ATC董事會的雇傭兵正在準備炸毀醫院，以毀屍滅跡。在逃往地面的過程中，主角遭到Alma的襲擊，而壹個自稱SnakeFist的人，對他提供幫助，並告訴他因為手術，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，造成Alma要吸收主角。逃到地面後，只剩下四人的隊伍，前往SnakeFist藏身的Wade小學。在小學中，主角發現這裏是ATC“Paragon“計劃的實驗場所。同時主角還得知所謂的”Harbinger“計劃就是制造類似壹代中PaxtonFettel的精神力量指揮官，以控制克隆士兵。而主角和另壹幸存隊友Keegan是最有希望成功的。在地下實驗室，主角找到了實際上是ATC也就人員的SnakeFist。被克隆殺手殺死之前SnakeFist告訴主教，要戰勝Alma，就需要StillIsland上（壹代中囚禁Alma的地方）的精神力量加強器，加強主角的精神力量，戰勝Alma。
在趕往StillIsland途中，Keegan獨自壹人離開了，主角追了上去。但是因為克隆士兵的攻擊，而壹直沒追到。最後主角與隊友會合後，與女上尉壹起前往精神力量加強器。當上尉要開啟加強器時，GenevieveAristide出現，打死了上尉i，阻止加強器的運行。她告訴主角因為Origin計劃的敗露，她對董事會已經失去了利用價值。為了擁有與董事會談判的砝碼，她要囚禁Alma。以Alma作為談判籌碼。而方法就是將Alma關在這個加強器中，遊戲開始時手術就是加強主角的精神力量，而Alma對精神力量極其敏感，這樣主角就成為了誘餌，將Alma引到StillIsland。這時Alma突然出現，GenevieveAristide將Alma和主角壹起關在了加強器裏。
主角發現自己處在壹個幻境之中，當他要開啟加強器時，Keegan突然出現攻擊主角，同時叫嚷著為什麽不是我最後主角擊敗了Keegan並啟動了加強器。這時主角發現自己退出了幻境並被封在加強器內。突然加強器打開，主角發現Alam站在他面前，身後是壹片廢墟。而且Alma懷孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角聽到了壹個女聲叫喚”Mummy“
二代的結局留下可很多懸念。。。。。。。。。。。那孩子是不是BecketAlma為什麽要吸收Becket為了Becket擁有的強大精神力量為了和Becket生個孩子為了找壹個PaxtonFettel的替代者來控制克隆軍隊還有壹代的主角到底則麽樣了
ATC的各個計劃，下面的東西在最後壹關的壹個資料盤上。
Icarus計劃
ATC在1973展開的關於微重力下人體狀況的生物工程方面的研究。這個計劃因為Perseus計劃而取消。現在這個計劃所剩下的不過是幾個擁有快速反應和強大力量的超級士兵原型體。
Origin計劃
這個計劃原本是通過Alma的DNA來制造原型體，但是HarlanWade認為精神力量未必就是完全基因方面的。所以他使Alma懷孕，產下了兩個原型體。而Alma則壹直處在人造昏迷狀態。
Alma產下的第壹個原型體（主角），起初被認為是失敗。過壹段時間後，Alma再次懷孕並產下了第二個原型體（PaxtonFettel）。在PaxtonFettel十歲時，Alma和他擁有了精神聯系，這個造成了PaxtonFettel爆走，並殺死了數名研究人員。這個事件時Origin計劃被終止，研究基地被封閉，Alma的生命維持機也被暫停。HarlanWade聲稱Alma在這之後六天，死去了。
壹代遊戲開始前，GenevieveAristide再次啟動Origin計劃，她派出人員進入研究基地，並打開了封存Alma的封閉倉，這使得Alma的精神力量散播出去，並和PaxtonFettel再次發生精神聯系，這次聯系，造成了PaxtonFettel的反叛，也就是壹代遊戲的開始。
Perseus計劃
這個計劃包括了Origin計劃中出生的PaxtonFettel。PaxtonFettelzu作為指揮官，用他的精神力量來控制克隆部隊，這支部隊最後因為Alma的復蘇而造反，遊戲中的大多數敵人都是他們。
Harbinger計劃
這時Origin計劃的後繼者，目的是制造更多，更可靠的精神力量指揮官，二代主角和他的數位隊友都是這個計劃的選中者。在二代裏的醫院就是這個計劃的實驗基地，主角遇到了很多失敗的實驗品。
Paragon計劃
這是壹個長期的研究計劃，目的是在Wade小學學生中尋找擁有精神力量天賦的小孩，將他們發展成精神力量的使用者。在小學的地下實驗室內研究人員對學生進行暗示,藥物,甚至秘密手術，以激發他們的能力。Alma曾經也是這裏的學生，因為她擁有的強大力量和不穩定性而被轉移。
終於寫完了，參考了Wiki上的資料，希望對大家有所幫助.