二是推行成本核算制度。公立醫院在實行醫療業務成本核算的基礎上，逐步實行醫院全成本核算，以全面反映醫院經濟運行狀況。業務主管部門負責建立醫療機構成本信息庫，根據各類醫院分項平均成本制定本地區成本定額指導水平，作為醫院績效考核的重要指標；建立健全醫院支出標準體系，規範支出預算核定辦法。財政部門將醫院成本控制情況作為安排補助資金的重要依據。
三是建立健全財務報告制度。公立醫院按照預算管理級次和規定時間定期向主管部門和財政部門報送財政報告。業務主管部門對醫院財務報告進行不定期監督抽查，並對年度財務報告委托註冊會計師事務所進行審計，審計結果在壹定範圍內公開，並將其作為醫院評價、醫院院長及相關責任人績效考核的依據。
四是建立財務信息公開制度。公立醫院是財務信息公開的主體，按照規定權限和程序向社會披露相關財務信息，做到公開內容真實、程序規範。公開內容以經專業機構審計核實後的財務報告為基礎，重點公開公立醫院收支情況等社會公眾較為關心的信息。業務主管部門督促公立醫院主動定期向社會公開相關信息。
五是落實三級醫院總會計師制度。三級公立醫院必須設置總會計師崗位，其他醫院有條件的也應設置總會計師崗位。總會計師通過公開公平方式選拔，參與醫院重大問題的決策。三級醫院上報年度部門預算、決算及相關財務報表時須經總會計師簽字。有條件的地區可實行總會計師委派制和財務主管委派制。