當麻紗綾是擁有201高智商的天才女警，並且是壹個做事從來不管他人情緒的人，她和身手不凡的同僚瀨文（加瀨亮飾）組成拍檔，並利用自己的特殊能力（SPEC）破獲各種疑難案件。
關於“簡單計劃”（Simple Plan，SP）引起的連鎖反應愈演愈烈，野野村組長（龍雷太飾）舍生取義，現如今世界的命運完全落在當麻紗綾（戶田惠梨香飾）和瀨文焚流（加瀨亮飾）這兩個生死搭檔的肩頭上。神秘流感病毒、父親的好友湯田秀樹（遠藤憲壹飾）、深藏幕後的J教授，種種線索困擾著當麻，卻也漸漸指明了真相所在。
與此同時，場名醫師（渡邊壹計 飾）的身體遭到控制，對正在警察醫院受監控的成年SPEC持有者展開無情屠殺，而暫時逃生的少年SPEC持有者也無法避開死亡的命運。弄清了真相卻目睹著悲慘壹幕的當麻，再也無法抑制被封印的SPEC，任憑靈魂和身體被狂走的能力所挾持。她突然在首腦們的禦前會議上出現，與此同時各種災難相繼在各地爆發，法蒂瑪第三預言不可避免地實現了。
SPEC持有者的身世緩緩解開，他們和普通人之間的戰爭全面展開。生存或是毀滅，瀨文、當麻以及他們的夥伴，成為左右歷史走向的關鍵人物。這是時代的結局，抑或是新的開始。