2010年4月，中央機構編制委員會正式批準泉州市泉州海關、石獅海關、小厝海關合並，成立副廳級泉州海關，隸屬廈門海關。下壹步，泉州海關將啟動設立刺桐、晉江、石獅、小厝4個駐外辦事處。
莆田海關為司級海關，隸屬於中華人民共和國福州海關。