廈門市同安區地方稅務局機關內設辦公室、人事教育科、監察室、稅政管理科、計劃財務科、信息技術科、征收管理與法規科和規費征收管理科等8個職能科室，下轄大同、祥平、外稅、新民、西柯、五顯、汀溪、蓮花等8個稅務分局（所）和1個稽查局。
內設 8個科室：
1、辦 公 室
(1)負責綜合協調機關政務工作；
(2)起草和審核重要文件，審核把關局機關公文；
(3)負責地稅工作會議等重要會議的組織工作；
(4)負責稅收宣傳工作,負責文件的收發運轉,編發銀稅信息,管理文書檔案；
(5)處理群眾來信和來訪；組織辦理人大、市政協的提案和議案；
(6)負責機關機要保密和安全保衛工作,制定機關內部規章制度，管理機關財務和財產等行政事務。
(7)負責督查區局重要事項的落實工作。
2、人教科
(1)機構設置、人員編制工作。按照幹部管理權限和國家公務員暫行條例，負責幹部、職工的交流、考察、任免、轉正定級、獎懲工作；
(2)負責組織崗位責任制的考核及幹部年度考核工作，辦理有關人事方面的來信、來訪工作；
(3)負責勞動工資的管理、離退休幹部的管理、人事檔案的管理、考勤管理、臨時工的管理；
(4)負責崗位培訓、學歷教育等教育培訓工作；
(5)負責思想政治工作，掌握幹部、職工的思想動態；
(6)負責精神文明建設，並組織各項措施的落實；
(7)負責辦理上級交辦的其他事項。
3、監察室
(1)監督檢查稅務機關及其工作人員貫徹執行國家稅收法律、法規、規章制度和稅收政策的情況；
(2)依照國家的有關政策、法律和法規，保護監察對象依法行使職權；
(3)受理稅務機關及其工作人員違法違紀行為的檢舉、控告，以及稅務機關及其工作人員不服政紀處分的申訴；
(4)調查處理稅務機關及其工作人員違法違紀行為；
(5)負責廉政建設的監督、實施；組織開展行風建設工作；
(6)負責辦理上級交辦的其他事項。
4、稅收政策管理科
(1)負責各稅費費的政策管理工作，制定具體的征收管理辦法;
(2)按照稅收管理權限，對有關稅收法律、法規在執行中的壹般性解釋和處理，
(3)組織辦理有關稅收減免中的具體事項。
(4)負責和執行集體、私營企業和個體工商業戶等財務會計制度，加強行業財務管理工作。
(5) 負責提出有關稅收政策調整的建議。
5、規費征收管理科
(1)負責養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費和生育保險費等社保費政策法規的研究、解釋並組織實施；
(2)監督、檢查、指導各征收單位依法執行政策法規、提高征管水平；
(3)負責對社會保險費征管有關問題進行檢查和調研，負責對社保費重點費源進行監控；
(4)配合勞動保障部門編制社會保險費的收入計劃，並負責下達任務及監督檢查計劃的執行情況；
(5)配合有關部門做好政策、法規的宣傳培訓工作；
(6)負責協調社保費征收工作中與其他部門的關系；
(7)負責辦理上級交辦的其他事項。
6、征收管理與法規科
(1)負責貫徹實施《稅收征收管理法》及其《實施細則》。
(2)組織實施地方稅收綜合性稅收征管法規及規章制度，指導稅務登記、申報、稅務檢查和稅收資料管理。
(3)改革完善地方稅收征收管理辦法,管理稅收發票。
(4)負責企業辦稅員的管理、業務培訓,負責稅務代理的管理工作,負責地方稅收理論、政策調研的組織與管理工作；
(5)負責稅務行政訴訟和行政復議工作；負責稅務案件審理委員會的日常工作。
7、計劃財務科
(1)匯總分析稅收會計、統計信息數據；
(2)擬定稅收計劃和會計、統計制度並監督檢查執行情況。
(3)管理全局經費、財務、裝備和固定資產；
(4)監督執行地稅系統財務制度；
(5)辦理各項經費的領撥；
(6)組織實施內部審計；
(7)負責稅收票證和完稅證的管理工作。
(8)組織研究分析地方稅收稅源狀況及變化情況。
8、信息技術科
(1)負責計算機應用於稅收管理的各個環節的指導與管理；
(2)負責計算機購置、配發、網絡建設及功能配置管理工作；
(3)負責計算機軟件的推廣、應用；
(4)負責計算機管理制度的建立、人員培訓以及網絡安全管理工作；
(5)組織實施辦公現代化管理工作；
(6)負責經濟信息的提供處理工作。
下設 1個稽查局、8個基層稅務分局、所：
1、 稽查局
負責稽查計劃的編報工作；負責舉報案件的管理工作；負責實施稽查工作；負責組織大案要案（具體標準根據審理權限確定）的審理工作；負責稽查案件的執行工作；負責稽查計劃完成情況及稽查成果的分析工作。
2、 外稅分局
負責同安區範圍內外資企業地方稅收管理工作
3、 祥平分局
負責同安區祥平街道範圍內地方稅收管理工作
4、 大同分局
負責同安區大同街道、洪塘鎮範圍內地方稅收管理工作
5、 新民分局
負責同安區新民鎮範圍內地方稅收管理工作
6、五顯稅務所
負責同安區五顯鎮範圍內地方稅收管理工作
7、蓮花稅務所
負責同安區蓮花鎮範圍內地方稅收管理工作
8、西柯稅務所
負責同安區西柯鎮範圍內地方稅收管理工作
9、汀溪稅務所
負責同安區汀溪鎮範圍內地方稅收管理工作