阿蘭若之夢主要講述了阿蘭若和沈曄之間愛而不得的故事。
梵音谷故老傳說，有阿蘭若女無辜枉死，不得往生。其執念化生夢境，不知人誤觸之，身似沈睡，神魂已入幻境中，受阿蘭若心魔所控，非大定力大智慧者不得出。後鳳九女君為取頻婆果而墜其境，東華帝君不恤己身，親身入夢，細查其情，方知此境實為歧南神宮神官長沈曄所造。
沈曄與阿蘭若本結鴛盟，奈何天弄之。沈曄痛阿蘭若之夭亡，受其師息澤指點，劍斬三季，傾己身修為，仿九重天至寶結魄燈制度，而創此境，為集養阿蘭若魂魄，欲復其生。然天機難測，遂得鳳九女君及東華帝君至，方了前因。知伊人無復歸日，沈曄望絕，自沈思行河。阿蘭若之夢亦不復存也。帝君憐其情，集二人殘息，投雙生之四季果樹中，令息澤種於歧南神宮。
背景設定
《三生三世枕上書》阿蘭若之夢是沈曄為了紀念阿蘭若而創造出來的夢境。而阿蘭若和沈曄實際對應的就是鳳九和東華兩人後來所化的人物。而兩人遲遲沒能在感情中發生進展，就在鳳九進入了阿蘭若之夢尋找起死回生之果時，東華帝君也進了夢境要尋找鳳九，兩人都***同經歷了壹段經歷然後互生情愫。
而沈曄和阿蘭若也解開了彼此的誤會，當沈曄得知阿蘭若真正死因之後悲痛欲絕，因為這段感情終歸是錯過了。