ELEX的故事發生在壹顆類似於地球的叫做Magalan的星球上，在某個時間段，壹顆巨大的隕石撞擊了這顆星球，導致星球上的文明幾乎毀滅，只有少數人幸存下來。隕石在撞擊星球的同時，還帶來了壹種新的物質——Elex。
這種物質能和星球上所有的植物和動物結合，並能讓他們產生異變。它還能用於強力武器和工具的制造。另外它還能像毒品壹樣被生命體吸食，吸食者會擁有魔法力量，但是長期使用會讓人變得暴躁，過度使用便會失去人性。
在這樣壹個世界裏，最大的壹個問題就是做出選擇——使用Elex獲得強大的力量同時慢慢喪失人性或者遠離Elex，保持人性。
遊戲的故事發生在隕石撞擊星球100年後，現在的居民基本都是大災難幸存者的後代。