故事主線:
『名偵探柯南』原名叫工藤新壹，是壹個高中生名偵探，在壹次追查壹個穿黑衣歹徒行徑時，被設計強迫吃下毒藥而致身體縮小成壹個國小學生模樣，為了使自己身體回復原狀，計誘歹徒現身找到解藥，工藤新壹於是開始設法隱藏身份，有壹天他在阿笠博士的家中恰好看到了書架上『江戶川亂步 』全集，而他爸爸又『柯南道爾』的書迷，於是靈感壹動，就以『江戶川柯南』之名來掩飾身份。並住進女友小蘭家裏，想找出那些害他變小的黑衣人。又結識吉田步美等人，組成少年偵探團。並與大阪的高中生偵探服部平次成為好友。後藥物設計者與他同樣變小的灰員哀也加入進來。至今仍在尋找黑衣組織那些人……
#2柯南主線劇情整理 （轉自動漫進行時yzkdc作品）
註：由於柯南的故事大多沒有具體的日期，因此這裏僅按發生的先後順序簡要列出連載中和主線有關情節和本人的壹些觀點，情節壹律以漫畫為準：
身為女明星的沙朗和有希子壹起向魔術師黑羽盜壹（即基得的父親）學習易容術，兩人因此相識
真實身份為黑衣組織殺手的沙朗殺害了壹直在調查組織的FBI探員，即朱蒂的父親，並放火燒了朱蒂的家以毀屍滅跡，只有年幼的朱蒂幸免遇難，並被她父親的同事以“證人保護計劃”保護起來
（沙朗對小朱蒂說的“A secret makes a woman woman”令她印象深刻，並成為她日後口頭禪。奇怪的是，當時既有朱蒂這個人證，又有沾有沙朗的指紋的眼鏡這個物證，為什麽不把沙朗抓起來呢？）
新壹和蘭到紐約遊玩，有希子招待他們看百老會的歌劇“黃金蘋果”，在劇院門口兩人遇見並認識了沙朗，但是在歌劇開演前沙朗借口有事先行離開。歌劇中發生謀殺案，新壹協助破案後，有希子留下錄口供，讓兩人先乘taxi回酒店。路上兩人為找沙朗給蘭的手帕而下車，蘭先是遇見了正在追捕銀發強盜的赤井秀壹，後又在廢倉庫遇見受傷的，逃跑中的銀發強盜。銀發強盜在想將兩人滅口時因欄桿斷裂而從高處掉落，被蘭和新壹所救，事後銀發強盜被發現自殺，但是可疑的是現場所有的痕跡都被抹去。
（按照後來劇情的說法，當時的銀發強盜其實是沙朗為讓赤井秀壹掉以輕心以便於刺殺而假扮的（但是好像仍沒有成功，自己還掛了彩），這也是為什麽現場所有的痕跡都被抹去的原因（當然真正的銀發強盜早已被滅口並偽裝成自殺）。正因為沙朗被兩人救過命，所以日後才對兩人處處維護。事後她在和有希子的電話中提到的“看來我也有自己的天使”指的應該就是蘭（她此後壹直將蘭稱為天使）。另外故事最後提到赤井秀壹和FBI在壹起，暗示了他的身份）
沙朗假造了自己的死亡，並以自己的女兒克裏絲的身份繼續生活下去，在組織裏代號是“貝爾摩的”（Vermouth即苦艾酒）
（假造死亡的原因可能是身份暴露，不過她應該有過某種際遇，以至於真實的面貌也變得很年輕（可能和新壹見面時候的樣子已經是化妝過的了），以後我們就稱她為“貝爾摩的”）
新壹被黑衣組織攻擊，並被Gin強行灌藥而變成了柯南
奇怪的尋親殺人事件，哀的姐姐廣田雅美被Gin殺害
電玩公司殺人事件，柯南偶遇黑暗組織的成員tequila，但是他被炸死
哀逃離組織並寄住阿笠博士家
黑暗中的死角殺人事件，新出明智的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案
（這是真正的新出明智唯壹的壹次出場，同時為保護無辜的女傭，警方修改的案件紀錄，這壹點日後被朱蒂用來指證假冒的新出明智（青山兩年多以前就開始埋下伏筆）
與黑暗組織得再會，哀被組織成員匹斯克綁架，後在柯南的協助下逃脫，匹斯克因身份暴露被Gin滅口
（當時貝爾摩的也在現場，事後熄影並在日本定居下來。由於哀感覺當時有其他組織的成員在場，事後柯南開始懷疑她也是組織的壹員）
貝爾摩的制造車禍企圖害死新出明智壹家，並開始假冒新出明智的身份。另壹方面，長大的朱蒂加入了FBI，追查貝爾摩的來到了日本，在察覺了貝爾摩的的企圖後暗中救下新出明智，並且自己以蒂丹高中英語老師的身份潛伏下來，以便於監視
（朱蒂通過比對指紋，發現了沙朗=貝爾摩的的秘密，另外貝爾摩的裝誰不好，偏裝成醫生，也不怕醫死人）
危命的復活，柯南變回新壹並化妝成黑衣騎士與蘭見面，被化身成新出的貝爾摩的以及朱蒂老師發現
（貝爾摩的這時就已經知道新壹沒死，但是估計還沒猜到柯南=新壹，也沒有告訴組織）
格鬥遊戲的陷阱，朱蒂與柯南相識，並看見他借助園子破案
（這是朱蒂的首次正式登場，顯然她發現了柯南不簡單，並且可能已經知道了內幕。不過事後她打電話給同伴時，“腐爛的蘋果”的代號指的是化妝成新出的貝爾摩的。可惡青山在下壹集就說“蘋果是智慧果，暗指偵探”，明顯的誤導阿）
神秘的乘客，本集剛開始時GIN和貝爾摩的的壹段戲就表明了本集和主線有關。少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的朱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕，後來公車被強盜劫持，雖然最後在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的車上想壹死了之，最後被柯南所救。
（現在看來哀感覺到的組織成員就是貝爾摩的，而朱蒂與她在壹起應該是為了監視其行蹤，好在在柯南的掩護下無論是朱蒂或是貝爾摩的都沒有發現到哀。同時，本集也是赤井秀壹的第壹次正式登場，在最後他的報告表明他正在監視什麽人（現在看來應該是協助朱蒂監視貝爾摩的），另外值得壹提的是新出（貝爾摩的）在車上有維護柯南的舉動）
柯南等人認識了來自芝加哥的老人“詹姆士。布來克”，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，後在柯南的協助下被救，並被赤井接走
（這個詹姆士應該事朱蒂和赤井的上司，這壹集主要就是讓他露壹下面，以免以後出現時過於唐突，值得註意的是最後赤井提到自己被女朋友甩了，個人感覺這個女朋友是哀的可能性非常大）
佐藤警官去和白鳥相親，最終高木在柯南的幫助下成功阻止
（本集唯壹值得註意的是柯南是利用新出來達到冒充高木的目的的，但新出（貝爾摩的）幫助他園了謊，這表明了貝爾摩的這時候已經知道了柯南=新壹的秘密，原因可能是身為有希子好友，她很可能見過新壹小時候的照片，因此發現了這個秘密，當然，他仍然誰也沒告訴。另外從這壹集開始新出出場的次數開始頻繁，暗示他是與主線相關的人物）
犯罪的紀念品事件
（案件本身無關緊要，與主線有關就是暮目提到與毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。偷案卷的是貝爾摩的，主要目的是了解與新出相關的那個案件（可惜仍然遺漏了細節），將相關案卷都偷走就是為了誤導FBI她的目標和毛利有關，在故事的最後有赤井監視毛利偵探所的畫面，表明了FBI果然將註意力轉向毛利，同時我們也進壹步被青山誤導）
叉方塊三角事件，柯南又壹次在朱蒂面前破案
（案件本身仍然無關緊要，這壹集有幾點值得註意：壹是朱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI。二是在案件中蘭回想起自己曾經見到過“帶黑色針織帽的男子”（即赤井秀壹）；最後就是在故事結尾貝爾摩的發郵件給GIN，提到了雪利酒，並且向打了叉的宮野誌保（即哀）的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。個人認為這個時候貝爾摩的正式接到組織追殺哀的指令）
西部明偵探vs英語老師，案卷的丟失讓柯南很不安，他基本肯定了克裏絲是組織的成員，並進壹步懷疑朱蒂=克裏絲，剛巧趕來的服部對此很感興趣，於是鼓動柯南去朱蒂的公寓試探，在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對朱蒂的試探未果。
（這壹集的重點就是在最後朱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩的的壹模壹樣，按照後來的說法，這是朱蒂曾潛入新出（即貝爾摩的）的房間，發現相關的照片後復制的，同時朱蒂也借此知道了貝爾摩的的目標是哀，不過當時這些照片的出現，顯然給了我們朱蒂=貝爾摩的的很大的誤導。另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出）
中華街雨中的似曾相識。承接前面蘭回憶起“帶黑色針織帽的男子”，通過蘭在發燒病倒時的回憶倒述了黃金蘋果事件（具體見前）
黑色的足跡，小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員tequila接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索--板倉的日記
（案子的最後柯南和蘭遇到了赤井秀壹，在談話中赤井提到了壹個表面堅強、暗地流淚的女孩（應該就是指他的女朋友，哀的可能性非常大）另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇的事情）
PS：曾經有人提到，對赤井說蘭“經常”哭感到難以理解，其實這是因為赤井曾經監視過毛利偵探所，因此多次看見蘭暗暗哭泣，我覺得他這句話是對柯南說的，表明自己就是監視毛利偵探所的人，但是沒有惡意。
柯南通過板倉的日記了解到了黑暗組織的行蹤，並試圖冒充板蒼與伏特加接頭，但是被Gin識破而失敗
（雖然是和黑暗組織的較量，但是和主線劇情的關系並不大（感覺Gin和伏特加都被排除在主線之外了），唯壹的影響就是最後柯南和哀離開，時“恰巧”被赤井看到，好像哀也對此有所感覺。另外板倉的日記中提到黑暗組織的龐大計劃甚至影響到人類的前途，看來我們的柯南離“拯救世界”的老套不遠了）
金錢買不到的友情
（劇情本身和主線無關，但是在開始時，阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家，而母親賀利娜是壹個英國留學生，並且黑暗組織可能正在從事讓死人復活的計劃）
黑暗中的圈套，少年偵探團遇到殺人事件，柯南協助解決。其中值得註意的是在故事的整個過程中柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤，不過跟蹤者最後被迫放棄
（最後赤井秀壹的出場，表明跟蹤他們的人是FBI，由於哀與照片中的人物相似，因此FBI猜測她就是貝爾摩的的目標。另外最後赤井對著哀的照片說了壹句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常聯系，也不是經常互通信息）
哀得了感冒發燒，博士和柯南送他去醫院，但在停車場遇到命案而被阻，後來又遇到購物中的蘭、園子和朱蒂，發現他們行蹤的赤井秀壹也跟蹤而至，最後柯南解決了案件，但是博士卻借朱蒂的車將哀送回了家，並找來新出醫生給哀看病。故事的最後出現了貝爾摩的將哀的照片燒毀，並說“準備好了嗎？我發現了，我去找妳了”的畫面
（這下哀可算是徹底暴露了，貝爾摩的和FBI雙方都知道了她的住址，貝爾摩的還在博士家安了竊聽器）
博士帶柯南和哀去訪問哀的父親生前的好友，設計師出島壯平，試圖了解更多關於哀的父親的事。當然在設計所免不了又發生命案，柯南在破案的同時，也找到了由哀的姐姐設法藏在設計所的，哀的母親留給哀的錄音帶。
（哀的母親在留給哀的19歲的錄音中應該提到了某件驚人的事情，不過出於青山愛賣關子的癖好，我們對此仍壹無所知。另外在故事的最後，貝爾摩的打電話找組織成員“卡爾多瓦斯”（即蘋果酒）來幫忙，正策劃著某項行動）
PS：這位卡爾多瓦斯可算是組指出場成員中最黴的壹個，連個臉都沒露就掛了。
朱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務（顯然是也將有所行動），不過在蘭和園子到朱蒂家中開Party時，蘭意外發現了鏡子背後的照片。
終於到了高潮了，各方勢力都有所行動：
貝爾摩的策劃了幽靈船活動，邀請了小五郎、新壹和Gin，試圖調開柯南而刺殺哀；朱蒂了解到了這個計劃，搶先壹步接走哀並試圖將貝爾摩的引入陷阱，但是貝爾摩的已經知道了這個陷阱，並將計就計作了安排；另壹方面，柯南邀請服部化妝成自己赴會，而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟蹤眼鏡跟蹤前往；最後，蘭因為想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽車的後備箱裏。。。。真是錯綜復雜，其間各方勢力相互沖突，各個密底紛紛揭曉，形勢幾變，具體情節這裏也不詳述了。最後貝爾摩的還是逃脫了赤井的追捕，也又壹次放過了柯南，並且向Gin隱瞞了柯南和哀的事，而朱蒂設法瞞過了蘭，蘭仍然壹無所知。。。。總之壹切情形照舊，青山騙錢計劃繼續！
（在最後赤井說出了“現在仍不是我和那個女孩（指哀）見面的時候”的話，表明他們有深厚的關系，而事後朱蒂曾邀請哀加入“證人保護計劃”，被哀拒絕）
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