(1)定位不同。年檢的定位是監督檢查，年報的定位是報告公示。
(2)主體不同。原來的年檢驗照的主體是企業、個體工商戶，現在年報的主體是企業、個體工商戶、農民專業合作社，增加了農民專業合作社，農民專業合作社過去是不年檢的，現在這壹輪增加了年檢。
(3)程序不同。年檢需要企業申報，工商部門審核，合格的加蓋印記，年報由企業通過企業信用信息公示系統報送並公示，工商部門不再進行審核，這是比較大的差別。
(4)內容不同。年檢的內容和年報的內容存在較大的差別，年報不再要求企業提交審計報告。
(5)法律責任不同。過去如果不辦理年檢，工商部門是要進行吊照處理的，也就是進行行政處罰。而現在沒有及時報告的話，工商部門采取的是信用約束措施，首先督促企業要履行職責，在督促的前提下，依然不履行職責的，就會把企業放在經營異常名錄裏面。當然，這也可以修復，只有該企業履行了義務，再申請，會把該企業移出經營異常目錄。