1、系統最大支持的單壹文件容量不同：
FAT:2GB、FAT32:4GB、NTFS：256TB、exFAT:16EB;
2、文件系統最大格式化容量不同：
FAT:2GB、FAT32:2TB(單NT內核系統限制為32GB)、NTFS：2TB-256TB（受MBR影響，GPT分區格式可以更大）、exFAT:64ZB(理論值，目前支持到128PB);
3、簇的大小不同（根據存儲設備磁盤、閃卡和硬盤的容量，簇的大小可以不同以使存儲空間得到最有效的應用）；
最大簇：FAT:32KB、FAT32:64KB、NTFS：64KB、exFAT:32768KB;
4、支持的操作系統同；
FAT:DOS、Windows 95、LINUX；FAT32:Win95 OSR2之後；NTFS：Windows2000之後；exFAT:Windows CE6、Vista SP1、Windows 7之後。
擴展資料：
1、當文件刪除後寫入新資料，FAT不會將檔案整理成完整片段再寫入，長期使用後會使檔案資料變得逐漸分散，而減慢了讀寫速度。硬盤碎片整理是壹種解決方法，但必須經常整理來保持FAT文件系統的效率；
2、當文件刪除後寫入新資料，FAT不會將檔案整理成完整片段再寫入，長期使用後會使檔案資料變得逐漸分散，而減慢了讀寫速度。硬盤碎片整理是壹種解決方法，但必須經常整理來保持FAT文件系統的效率；
3、ntfs的缺點主要表現在，經常使用格式化、初始化u盤後會使得u盤讀取緩慢的現象；
4、exFAT是微軟專為閃存（U盤、存儲卡）閃存設備設計的文件系統，兼容性非常好。建議U盤等移動設備首選。