《五號特工組》第三部講述1946年國民黨派出的特勤小組押解戰犯石巖夫從日本到南京所發生的故事。
1947年夏天，任國民黨上尉軍官的地下黨員馬昀飛被任命為國防部特勤小組組長，帶領其他四人將制造南京大屠殺的元兇之壹、乙級戰犯石巖夫引渡到中國首都南京進行審判。
壹行人踏上了曲折迂回，危機重重的押送戰犯的歷程：從東京到大連，從天津到武漢，從蕪湖到上海途中，他們遇到明裏暗裏交替出現的兩股敵人—日本軍國主義死硬分子和尚未暴露的軍委會漢奸高官。
特勤小組壹行人始終以民族大義和國家利益為宗旨，鬥智鬥勇，最終將石巖夫押上法庭；同時揭露了當年出賣三百部下給731細菌部隊當“馬路大”的驚天大案。
《五號特工組之戰後之戰》采用了史實+虛構+公路+動作的戰爭情節劇模式，賦予了該劇跌宕起伏、引人入勝故事情節，增加了歷史厚重感。押送、營救、暗殺、誘惑、憎恨層層疊疊、迷霧重重，緊張、驚險、懸疑、對抗的激烈氣氛讓觀眾能感受到美國大片式“諜影重重”的魅力。
該劇中特勤小組的帥酷形象雖然有壹絲做作，但融入精彩的動作設計也使得特工們炫酷出彩，幾位主角的感情戲份，也使劇情更為曲折跌宕。