距離地球6萬光年的遙遠星球——行星Zi，帝國軍和***和國軍上壹次的大戰結束了有20年。在那裏，人類開辟了被稱為殖民地的小村莊，過著平淡而和睦的生活。在廣大的沙漠地帶，以前戰爭的廢墟和城市的遺跡依然留存著已經不能動的Zoid。
主人公小邦被操縱野生Zoid的強盜集團追殺。逃入附近的壹處遺跡後，他偶然發現並打開了遺跡中疑似容納有Zoid的奇怪容器。從容器中出來的是被稱為Organoid的有著特殊能力的Zoid奇克和壹位叫做菲妮的神秘少女。在奇克的幫助下，小邦駕駛上了遺跡附近原本已經石化的重裝長牙獅並戰勝了強盜。為了不讓自己的村子因為有著特殊能力的奇克受到牽連並尋找傳說中的“Zoid Eve”，小邦和菲妮離開村子並開始了冒險之旅。然而，等待他們的是對奇克的特殊能力虎視眈眈的帝國軍和***和國軍。
作品通過描繪大人們把Zoid看作單純的兵器，來襯托小邦將自己的感情投入Zoid這壹生命體，以及小邦的冒險之旅。