1. 宗旨不同：企業旨在獲取最大利潤，民辦非企業單位旨在提供公益服務。
2. 性質不同：企業為營利性組織，民辦非企業單位為非營利性組織。
3. 資產來源不同：企業資產來源於股東或投資者，民辦非企業單位資產來源於非國有資產。
4. 舉辦主體不同：企業可由個人、企業事業單位或其他社會力量舉辦，民辦非企業單位由企業事業單位、社會團體、其他社會力量及公民個人舉辦。
企業的組織形式和運作模式：
1、企業性質：企業通常指的是以盈利為目的的法人實體，可以是國有企業、私營企業或外資企業等；
2、組織結構：企業可能采取股份有限公司、有限責任公司等多種組織形式；
3、運作目標：企業的主要目標是獲取利潤，為股東或所有者創造價值；
4、財務管理：企業的財務管理較為嚴格，需要按照會計準則進行賬務處理，定期對外公布財務報表；
5、市場競爭：企業在市場經濟中面臨激烈的競爭，需要不斷創新和提高效率以維持競爭力。
綜上所述，企業與民辦非企業單位主要在宗旨、性質、資產來源及舉辦主體上存在顯著差異，前者追求最大利潤、屬於營利性組織、資產來自股東或投資者、舉辦主體多樣化；而後者致力於提供公益服務、為非營利性組織、資產源自非國有資產、由多種社會力量及個人***同舉辦。
法律依據：
《民辦非企業單位登記管理暫行條例》
第二條
本條例所稱民辦非企業單位，是指企業事業單位、社會團體和其他社會力量以及公民個人利用非國有資產舉辦的，從事非營利性社會服務活動的社會組織。