CNS感染途徑包括：①血行感染：病原體通過昆蟲叮咬、動物咬傷、使用不潔註射器、輸血等進入血液，面部感染時病原體可經靜脈逆行人顱，孕婦感染時病原體經胎盤傳遞給胎兒等；②直接感染：貫穿性顱腦損傷或腦鄰近組織感染時病原體可直接擴散人顱；③神經幹逆行感染：嗜神經病毒如單純皰疹病毒、狂犬病毒等感染皮膚、呼吸道或胃腸道粘膜後可沿神經末梢進入神經幹。
在選用上述藥物治療時主要註意的是藥物的不良反應。如無環鳥苷的應用主要是註意其可能導致震顫、皮疹、譫妄、血尿、血清轉氨酶升高的不良反應；剛昔洛韋的應用主要註意腎功能損害和骨髓抑制(中性粒細胞減少、血小板減少)。