1、宗教語言不同
東正教和天主教之間在宗教語言上是有不同的，天主教以拉丁語為宗教語言，但現在也允許各地以民族語言祈禱。東正教最初以希臘語為宗教語言，但因為現在已不存在統壹的東正教會，所以壹般用各民族語言。
2、教會形式不同
天主教至今仍保留統壹的教會，自稱“至聖、至公、至壹，從宗徒傳下來的教會”，羅馬教廷為世界天主教中心。東正教原有以居士坦丁為中心的統壹教會，隨著東羅馬帝國的滅亡，各國教會不相統屬，但駐在今天土耳其伊斯坦布爾的君士坦丁牧首保留“普世牧首”的稱號。
3、歷史不同
最初基督教只有壹個教會，1054年西部、東部教會分裂，以羅馬為中心的西部教會自稱“公教”即天主教，以君士坦丁堡為中心的東部教會稱“正教”即東正教。16世紀，西歐和北歐發生宗教改革運動，從天主教中分離出革新教會，統稱基督新教。
4、教皇權利不同
兩教最大的區別還是權利集中，天主教的教皇權利極大，由於中世紀民眾普遍愚昧而又對天主教堅信不疑，所以教皇很多時候的權利是大於國家的君王以及各地區的貴族的，東正教大多時候並沒有太大影響力。